More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2651 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  55.92 
 
 
311 aa  371  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  57.28 
 
 
318 aa  371  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 
326 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 
309 aa  357  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 
301 aa  352  4e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  56.38 
 
 
318 aa  350  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  55.86 
 
 
302 aa  335  5e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 
303 aa  333  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 
301 aa  333  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 
311 aa  325  5e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 
326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 
300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 
310 aa  319  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 
320 aa  308  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 
312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  48.21 
 
 
315 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  47.88 
 
 
315 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  46.62 
 
 
305 aa  299  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  45.27 
 
 
323 aa  298  6e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
309 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
316 aa  295  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 
316 aa  294  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
316 aa  292  6e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
314 aa  285  5e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 
301 aa  282  6.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
307 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 
309 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 
309 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
293 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 
314 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  47.2 
 
 
302 aa  276  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  45 
 
 
313 aa  275  7e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 
315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 
300 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 
325 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
316 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 
308 aa  261  8e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  43.86 
 
 
332 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 
317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
315 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
320 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  41.04 
 
 
319 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
305 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  42 
 
 
316 aa  248  8e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
313 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
311 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 
309 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
316 aa  245  6e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
320 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
320 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
299 aa  242  7e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
311 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.67 
 
 
316 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
320 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
310 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
320 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
320 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
297 aa  237  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
306 aa  235  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 
315 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
328 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
321 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
315 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 
313 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
320 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
308 aa  228  9e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  36.31 
 
 
325 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  39.17 
 
 
322 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
322 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
322 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
312 aa  225  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
323 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
322 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
307 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
307 aa  223  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
322 aa  219  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
342 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
326 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
309 aa  215  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
317 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
317 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  37.25 
 
 
329 aa  210  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
317 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
329 aa  210  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
317 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
317 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
329 aa  210  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
317 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
317 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  37.8 
 
 
332 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>