More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2639 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  69.62 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  55.86 
 
 		 316 aa  335  3.9999999999999995e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 326 aa  331  1e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 318 aa  323  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 309 aa  318  7e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  53.47 
 
 		 318 aa  316  2e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 326 aa  298  6e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 320 aa  296  3e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 303 aa  295  5e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  50.33 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 314 aa  285  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 315 aa  285  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 309 aa  285  9e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 312 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 316 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 314 aa  269  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 314 aa  268  1e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 305 aa  265  7e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  46.34 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 308 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  45.72 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  43.49 
 
 		 323 aa  259  3e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  47.37 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 311 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.6 
 
 		 316 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 316 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  42.96 
 
 		 316 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  44.93 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 315 aa  238  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 320 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 327 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 315 aa  229  4e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 320 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 307 aa  212  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 322 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 324 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 328 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 322 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 321 aa  203  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 329 aa  203  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 326 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 322 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 317 aa  201  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 307 aa  201  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 318 aa  199  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  40.67 
 
 		 329 aa  195  6e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>