228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2596 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  100 
 
 
405 aa  819    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  49.52 
 
 
400 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  43.96 
 
 
401 aa  323  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.46 
 
 
450 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  41.69 
 
 
429 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  39.7 
 
 
417 aa  283  5.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  41.73 
 
 
432 aa  262  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.53 
 
 
415 aa  261  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.4 
 
 
442 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.6 
 
 
430 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  39.6 
 
 
442 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.09 
 
 
459 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.39 
 
 
450 aa  245  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.97 
 
 
450 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  39.45 
 
 
420 aa  242  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.93 
 
 
364 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  36.36 
 
 
437 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.89 
 
 
450 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.99 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.45 
 
 
421 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.39 
 
 
421 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  35.02 
 
 
446 aa  231  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.86 
 
 
421 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  36.41 
 
 
445 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.04 
 
 
449 aa  226  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  33.67 
 
 
429 aa  226  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.05 
 
 
428 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.02 
 
 
424 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.48 
 
 
426 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.33 
 
 
432 aa  220  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  32.35 
 
 
424 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.36 
 
 
430 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  34.96 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  34.12 
 
 
419 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  31.36 
 
 
427 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  33.1 
 
 
442 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.56 
 
 
450 aa  210  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.5 
 
 
448 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  33.25 
 
 
423 aa  209  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  32.65 
 
 
438 aa  208  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.25 
 
 
448 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.25 
 
 
447 aa  206  5e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.09 
 
 
449 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.09 
 
 
449 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.09 
 
 
449 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.09 
 
 
449 aa  206  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.09 
 
 
451 aa  206  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  32.38 
 
 
432 aa  205  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.67 
 
 
417 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.68 
 
 
449 aa  199  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.73 
 
 
451 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.5 
 
 
437 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  32.33 
 
 
464 aa  195  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  31.57 
 
 
453 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  31.4 
 
 
424 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  30.09 
 
 
429 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.75 
 
 
415 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.09 
 
 
450 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.63 
 
 
429 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  30.05 
 
 
422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.84 
 
 
446 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.75 
 
 
430 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.95 
 
 
427 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6026  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.41 
 
 
431 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.4 
 
 
437 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.4 
 
 
420 aa  177  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.8 
 
 
452 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  32.79 
 
 
414 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.08 
 
 
421 aa  176  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.08 
 
 
421 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.68 
 
 
437 aa  176  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.68 
 
 
437 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.68 
 
 
435 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.68 
 
 
435 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.68 
 
 
435 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.56 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  27.75 
 
 
420 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.08 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  31.52 
 
 
414 aa  174  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.64 
 
 
440 aa  173  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.6 
 
 
488 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5803  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.39 
 
 
432 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.97 
 
 
565 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.02 
 
 
419 aa  169  8e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1773  hypothetical protein  30.96 
 
 
478 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.88 
 
 
436 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.13 
 
 
446 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.36 
 
 
410 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1774  hypothetical protein  30.75 
 
 
480 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  32.01 
 
 
428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  29.13 
 
 
446 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  30.05 
 
 
415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.88 
 
 
446 aa  163  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.88 
 
 
446 aa  163  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.88 
 
 
446 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.88 
 
 
446 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.59 
 
 
439 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.64 
 
 
448 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  28.64 
 
 
448 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.89 
 
 
441 aa  159  7e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>