More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2411 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  100 
 
 		 362 aa  726    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  58.65 
 
 		 344 aa  331  1e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  52.16 
 
 		 346 aa  322  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  52.4 
 
 		 370 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  52.4 
 
 		 352 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  52.4 
 
 		 352 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  51.43 
 
 		 352 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  52.86 
 
 		 291 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  42.28 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3187  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  47.73 
 
 		 365 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  0.981913 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1826  ApbE-like lipoprotein  38.75 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  39.87 
 
 		 350 aa  223  4.9999999999999996e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3926  ApbE family lipoprotein  45.6 
 
 		 366 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3188  ApbE family protein  45.28 
 
 		 524 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  39.06 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2402  ApbE family lipoprotein  33 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0511  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 		 360 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  38.39 
 
 		 368 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  38.06 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  37.83 
 
 		 331 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  38.39 
 
 		 331 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  34.87 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  32.08 
 
 		 348 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.51 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.5 
 
 		 363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  34.74 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  36.77 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.8 
 
 		 336 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  29.69 
 
 		 380 aa  129  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  30.13 
 
 		 348 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  37.34 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  33.88 
 
 		 369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  34.96 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  31.61 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  34.32 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  29.91 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  31.34 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  29.39 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  26.36 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.24 
 
 		 306 aa  125  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.7 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  29.83 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  29.94 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  29.94 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  29.94 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  29.94 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  28.92 
 
 		 374 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  28.92 
 
 		 374 aa  122  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  30.99 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  36.43 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  28.92 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  29.19 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  35.85 
 
 		 349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  31.29 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.62 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  30.85 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.32 
 
 		 309 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  30.91 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  28.53 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  30.69 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  32.62 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  29.52 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  29.3 
 
 		 338 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  28.81 
 
 		 345 aa  116  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  29.13 
 
 		 339 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  28.39 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  32.12 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  28.61 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.9 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  29.57 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  25.98 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  30.31 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.09 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  28.77 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  29.56 
 
 		 338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.86 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.61 
 
 		 350 aa  113  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.88 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  34.12 
 
 		 331 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  38.03 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  28.94 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  28.47 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  36.4 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.62 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  27.17 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.47 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.96 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  32.18 
 
 		 362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  29.27 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  33.74 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.81 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  29.54 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.53 
 
 		 351 aa  110  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  32.58 
 
 		 362 aa  110  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  28.08 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  35.2 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>