279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2368 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  100 
 
 
283 aa  553  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  66.07 
 
 
283 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  57.19 
 
 
302 aa  342  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  61.31 
 
 
288 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  53.54 
 
 
303 aa  310  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  53.77 
 
 
308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  53.42 
 
 
308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  60.07 
 
 
289 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  52.35 
 
 
304 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  52.74 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  61.48 
 
 
288 aa  303  1.0000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  55.47 
 
 
291 aa  302  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  56.63 
 
 
288 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  67.29 
 
 
284 aa  297  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  54.84 
 
 
288 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  53.12 
 
 
303 aa  296  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.04 
 
 
290 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  52.68 
 
 
308 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  54.32 
 
 
288 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  56.69 
 
 
290 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  52.6 
 
 
295 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  52.86 
 
 
300 aa  289  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  53.24 
 
 
288 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  55.76 
 
 
294 aa  287  1e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  60.92 
 
 
293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  60.81 
 
 
289 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  54.45 
 
 
288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  54.93 
 
 
291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.71 
 
 
308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  58.78 
 
 
290 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  50.88 
 
 
289 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  59.07 
 
 
293 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  58.8 
 
 
283 aa  279  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  55.02 
 
 
318 aa  278  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  52.88 
 
 
308 aa  278  9e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  54.08 
 
 
308 aa  277  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  58.69 
 
 
293 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  51.58 
 
 
301 aa  276  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03233  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  53.29 
 
 
297 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0166212  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  54.12 
 
 
303 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  60.94 
 
 
295 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  52.3 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  57.71 
 
 
290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  54.96 
 
 
280 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  53.08 
 
 
308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  53.08 
 
 
309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  51.23 
 
 
289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  53.74 
 
 
290 aa  273  3e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  53.85 
 
 
304 aa  271  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  55.15 
 
 
294 aa  269  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  55.43 
 
 
303 aa  268  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  59.18 
 
 
296 aa  266  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  53.41 
 
 
303 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  52.24 
 
 
309 aa  265  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  55.02 
 
 
293 aa  266  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  54.65 
 
 
293 aa  265  7e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2827  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  58.69 
 
 
294 aa  263  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  56.08 
 
 
289 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  53.62 
 
 
303 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  52.01 
 
 
283 aa  261  6.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  48.03 
 
 
287 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  55.8 
 
 
303 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  55.8 
 
 
303 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  48.39 
 
 
287 aa  260  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  54.71 
 
 
303 aa  258  6e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3682  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  55.16 
 
 
295 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.948084 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  54.89 
 
 
289 aa  255  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  52.01 
 
 
306 aa  255  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0423  prepilin peptidase  52.78 
 
 
303 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.33 
 
 
290 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.09 
 
 
304 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.09 
 
 
304 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  57.09 
 
 
304 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.09 
 
 
304 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.09 
 
 
304 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  56.7 
 
 
351 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  56.7 
 
 
304 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3440  prepilin peptidase  49.49 
 
 
303 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.823823  normal  0.0376305 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  55.94 
 
 
351 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.09 
 
 
285 aa  245  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  53.36 
 
 
294 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.35 
 
 
298 aa  242  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  46.26 
 
 
299 aa  241  7e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  49.45 
 
 
281 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50.76 
 
 
280 aa  235  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  48.51 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  44.53 
 
 
286 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  46.9 
 
 
287 aa  225  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  47.01 
 
 
287 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  43.4 
 
 
286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  46.1 
 
 
299 aa  218  7.999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  49.26 
 
 
283 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  48.45 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  45.79 
 
 
321 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  43.12 
 
 
277 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3259  prepilin peptidase  42.75 
 
 
301 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000482568  hitchhiker  0.0000000000000925794 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1014  prepilin peptidase  42.38 
 
 
280 aa  208  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  47.77 
 
 
283 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  42.08 
 
 
261 aa  207  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0013  Peptidase A24 N- domain protein  48.4 
 
 
274 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.846368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>