More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2189 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2097  riboflavin synthase subunit alpha  68.04 
 
 		 199 aa  256  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0312217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3916  riboflavin synthase subunit alpha  59.9 
 
 		 202 aa  230  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4095  riboflavin synthase subunit alpha  59.16 
 
 		 197 aa  227  8e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2438  riboflavin synthase subunit alpha  56.94 
 
 		 209 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3100  riboflavin synthase subunit alpha  59.3 
 
 		 204 aa  225  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.592205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4063  riboflavin synthase subunit alpha  56.87 
 
 		 211 aa  224  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0894  riboflavin synthase subunit alpha  59.3 
 
 		 204 aa  224  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2689  riboflavin synthase subunit alpha  60.61 
 
 		 210 aa  224  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0480  riboflavin synthase subunit alpha  56.94 
 
 		 209 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0959  riboflavin synthase subunit alpha  56.94 
 
 		 209 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0921  riboflavin synthase subunit alpha  56.94 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.28001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0820  riboflavin synthase subunit alpha  56.46 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0829  riboflavin synthase subunit alpha  55.98 
 
 		 209 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0775  riboflavin synthase subunit alpha  57.21 
 
 		 209 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3013  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3066  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.160725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2599  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2144  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3101  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0766  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1541  riboflavin synthase subunit alpha  56.1 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2014  riboflavin synthase subunit alpha  58.71 
 
 		 204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  55.17 
 
 		 221 aa  217  7e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0663  riboflavin synthase subunit alpha  57.84 
 
 		 217 aa  217  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.197144 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0707  riboflavin synthase subunit alpha  57.84 
 
 		 217 aa  217  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0752596  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0620  riboflavin synthase subunit alpha  57.79 
 
 		 204 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  59.59 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  59.59 
 
 		 221 aa  214  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  56.25 
 
 		 208 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  56.99 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  56.99 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0714  riboflavin synthase subunit alpha  57.64 
 
 		 217 aa  209  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.854328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  54.87 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  56.48 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2667  riboflavin synthase subunit alpha  54.76 
 
 		 214 aa  204  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  53.06 
 
 		 218 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  53.06 
 
 		 218 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  53.03 
 
 		 218 aa  201  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3109  riboflavin synthase subunit alpha  55.83 
 
 		 237 aa  201  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  52.53 
 
 		 218 aa  200  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  52.33 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  51.53 
 
 		 218 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  55.96 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  54.4 
 
 		 220 aa  197  6e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2884  riboflavin synthase subunit alpha  52.58 
 
 		 214 aa  197  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.95813  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  53.89 
 
 		 227 aa  197  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2916  riboflavin synthase subunit alpha  53.11 
 
 		 219 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0248627 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  53.33 
 
 		 217 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  50.5 
 
 		 218 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  54.4 
 
 		 219 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  51.53 
 
 		 221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  51.02 
 
 		 218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  53.89 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  55.22 
 
 		 205 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  51.24 
 
 		 217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 221 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 221 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 221 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0691  riboflavin synthase, alpha subunit  53.37 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4461  riboflavin synthase subunit alpha  52.85 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  50.51 
 
 		 219 aa  193  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  50.26 
 
 		 216 aa  192  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3856  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 220 aa  191  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2140  riboflavin synthase subunit alpha  48.97 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256216 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2469  riboflavin synthase subunit alpha  47.76 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.032999 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  52.33 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2384  riboflavin synthase subunit alpha  50.77 
 
 		 200 aa  188  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.599759  normal  0.02171 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0271  riboflavin synthase subunit alpha  52.24 
 
 		 205 aa  187  7e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.800098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  49.24 
 
 		 221 aa  187  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  48.98 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  50.26 
 
 		 221 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  51.81 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  47.69 
 
 		 213 aa  184  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0299  riboflavin synthase subunit alpha  53.27 
 
 		 204 aa  181  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.931154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 		 215 aa  181  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 220 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  52.33 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  45.64 
 
 		 217 aa  180  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  47.55 
 
 		 217 aa  179  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  47.45 
 
 		 217 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 		 218 aa  178  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0758  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 198 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  50.75 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  46.39 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  48.26 
 
 		 197 aa  176  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  50.26 
 
 		 200 aa  175  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  46.94 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  50.78 
 
 		 200 aa  175  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  50.75 
 
 		 198 aa  175  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  50.78 
 
 		 200 aa  175  5e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  47.72 
 
 		 196 aa  175  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  49.74 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  48.21 
 
 		 216 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  49.25 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>