More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2098 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 		 354 aa  712    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.68 
 
 		 348 aa  333  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.63 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  47.04 
 
 		 346 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  46.11 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.26 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  47.66 
 
 		 346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.87 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  48.38 
 
 		 348 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  48.53 
 
 		 348 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.94 
 
 		 347 aa  250  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  43.02 
 
 		 345 aa  248  8e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.73 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  48.06 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  46.46 
 
 		 345 aa  247  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.4 
 
 		 344 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.54 
 
 		 344 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.85 
 
 		 344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  45.42 
 
 		 349 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.54 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  46.58 
 
 		 357 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.08 
 
 		 373 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  45.75 
 
 		 361 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.95 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  40.92 
 
 		 348 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  42.37 
 
 		 323 aa  219  7e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  42.58 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  43.85 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.02 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  40.85 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  41.42 
 
 		 311 aa  186  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.42 
 
 		 311 aa  186  8e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.7 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.21 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  36.79 
 
 		 321 aa  184  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.8 
 
 		 317 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  36.79 
 
 		 321 aa  184  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.65 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.93 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.07 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  39.29 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  39.07 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.23 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  35.65 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.49 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  36.19 
 
 		 315 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.22 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  36.75 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  37.09 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  40.26 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  37.66 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  37.3 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.34 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  37.21 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.21 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.29 
 
 		 321 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  31.05 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.56 
 
 		 318 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  29.64 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.74 
 
 		 318 aa  142  9e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.82 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  31.29 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.64 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.61 
 
 		 348 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.56 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.41 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.99 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.99 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  29.93 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.29 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.45 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.48 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  28.85 
 
 		 330 aa  126  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  31.09 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  28.85 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  28.85 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.22 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  30.84 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  28.85 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  30.22 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  30.22 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 322 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  30.77 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  28.35 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  28.35 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  28.35 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  28.35 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  28.35 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  28.66 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  28.35 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  26.81 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.8 
 
 		 318 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  28.04 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  30.3 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>