More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1742 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1742  H+-transporting two-sector ATPase, delta/epsilon subunit  100 
 
 
141 aa  278  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.340723 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3073  H+-transporting two-sector ATPase, delta/epsilon subunit  52.52 
 
 
140 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0311  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  54.01 
 
 
139 aa  138  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31293  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0216  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.86 
 
 
141 aa  134  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2743  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.83 
 
 
141 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4115  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  54.35 
 
 
141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.968865  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2796  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  50 
 
 
140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3304  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.1 
 
 
141 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2586  ATP synthase F1, epsilon subunit  48.92 
 
 
139 aa  124  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0602352 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2868  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.06 
 
 
140 aa  124  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3026  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.67 
 
 
141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0041  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.67 
 
 
141 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.952205  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3893  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.93 
 
 
141 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159746  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4145  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  49.61 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2429  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.53 
 
 
141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0464757  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4089  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  49.61 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4258  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03615  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.901981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4236  ATP synthase F1, epsilon subunit  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4246  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.014203  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3316  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.06 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.0655418 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4263  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.634105  normal  0.317947 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4099  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.420004 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03559  hypothetical protein  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.772502  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4461  ATP synthase F1, epsilon subunit  43.57 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000884862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0009  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.38 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.31863  normal  0.0360831 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5167  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0939649 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3947  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.93 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3307  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  114  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.236426  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4548  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.2 
 
 
139 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4195  ATP synthase F1, epsilon subunit  48.41 
 
 
140 aa  113  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3994  ATP synthase F1, epsilon subunit  50.79 
 
 
140 aa  113  8.999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305683  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2958  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0177  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.313145  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1586  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3967  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4041  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4133  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.82 
 
 
139 aa  112  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.490759  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3354  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3016  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4074  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.8 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69427  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4195  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.8 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4254  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.8 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2150  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.38 
 
 
142 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0174  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.38 
 
 
142 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4190  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.2 
 
 
139 aa  111  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3289  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.722454 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0123  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2948  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0098  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712946  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.96 
 
 
141 aa  110  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3874  ATP synthase F1, epsilon subunit  48.55 
 
 
140 aa  110  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4201  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.8 
 
 
140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.110385  normal  0.374799 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4227  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.8 
 
 
140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04082  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.1 
 
 
137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4175  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.8 
 
 
140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.295254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5120  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.32 
 
 
141 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3058  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.34 
 
 
140 aa  107  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002031  ATP synthase epsilon chain  42.03 
 
 
140 aa  106  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0198  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.85 
 
 
138 aa  105  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3955  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
142 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0052877  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3510  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.7 
 
 
140 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4746  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
142 aa  104  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2164  ATP synthase F1, epsilon subunit  45.32 
 
 
144 aa  104  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52150  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.26 
 
 
140 aa  104  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205122  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0013  ATP synthase F1, epsilon subunit  47.83 
 
 
140 aa  103  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0105  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.38 
 
 
138 aa  104  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0907989  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3186  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.32 
 
 
138 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0578931  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0027  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.12 
 
 
138 aa  104  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0758  ATP synthase F1, epsilon subunit, putative  41.18 
 
 
171 aa  103  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5598  ATP synthase F1, epsilon subunit  44.53 
 
 
139 aa  103  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0304  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.38 
 
 
138 aa  103  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.799769  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0309  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.38 
 
 
138 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0959525 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3924  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
142 aa  103  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0244651 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4016  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
142 aa  103  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.821379  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4129  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
142 aa  103  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.734658  normal  0.368601 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3052  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  57.14 
 
 
140 aa  103  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0421  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.26 
 
 
138 aa  103  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3511  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.59 
 
 
138 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000312684 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2909  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  57.14 
 
 
140 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3345  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.85 
 
 
138 aa  103  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00950448  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3202  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.81 
 
 
141 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.447549  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0373  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.12 
 
 
138 aa  103  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2806  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.81 
 
 
141 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.668633 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2529  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.03 
 
 
140 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5294  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.2 
 
 
139 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3643  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  51.82 
 
 
141 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0268699  normal  0.0255612 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3729  ATP synthase F1, epsilon subunit  42.34 
 
 
139 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5430  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.48 
 
 
139 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4364  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.75 
 
 
142 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.788281  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2326  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  41.61 
 
 
138 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.701275  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3493  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.59 
 
 
138 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000220298  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00420  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  40.88 
 
 
140 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3844  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.62 
 
 
142 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154563 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4309  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.75 
 
 
142 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4506  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.75 
 
 
142 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.107248 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0904  ATP synthase F1, epsilon subunit  39.71 
 
 
171 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.112177  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4365  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.75 
 
 
142 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>