More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1666 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  100 
 
 
501 aa  1013    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  47.54 
 
 
518 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  43.51 
 
 
498 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  45.54 
 
 
557 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  44.39 
 
 
570 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  42.79 
 
 
564 aa  322  8e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.49 
 
 
531 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  42.79 
 
 
564 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.72 
 
 
553 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.72 
 
 
530 aa  320  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.72 
 
 
530 aa  320  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.72 
 
 
530 aa  320  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  40.49 
 
 
552 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.49 
 
 
530 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.49 
 
 
530 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  42.63 
 
 
516 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  42.45 
 
 
524 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  45.02 
 
 
547 aa  317  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  43.41 
 
 
561 aa  317  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  43.37 
 
 
516 aa  317  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  41.18 
 
 
515 aa  316  8e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  42.45 
 
 
525 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  41.97 
 
 
528 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  40.09 
 
 
534 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  44.73 
 
 
578 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  42.06 
 
 
529 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 
529 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  42.21 
 
 
525 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  42.21 
 
 
525 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.18 
 
 
530 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.64 
 
 
534 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  43.6 
 
 
451 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  41.6 
 
 
556 aa  309  6.999999999999999e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  46.18 
 
 
512 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  42.07 
 
 
446 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  43.81 
 
 
467 aa  300  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  41.65 
 
 
473 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  38.73 
 
 
543 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  40.18 
 
 
580 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  40.75 
 
 
492 aa  296  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  40.92 
 
 
476 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  40.92 
 
 
476 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  42.04 
 
 
511 aa  293  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  36.5 
 
 
548 aa  293  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.72 
 
 
554 aa  292  9e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  40.68 
 
 
476 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  40.4 
 
 
515 aa  290  5.0000000000000004e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  38.7 
 
 
504 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  40.1 
 
 
524 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  38.7 
 
 
504 aa  287  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  43.31 
 
 
538 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  36.55 
 
 
511 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.79 
 
 
552 aa  274  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 
509 aa  272  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  34.76 
 
 
519 aa  271  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  44.65 
 
 
458 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  43.81 
 
 
477 aa  270  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.2 
 
 
532 aa  270  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.53 
 
 
517 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  39.26 
 
 
514 aa  264  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  36.75 
 
 
553 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.79 
 
 
528 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.02 
 
 
519 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  34.81 
 
 
514 aa  260  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.61 
 
 
527 aa  261  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  34.64 
 
 
515 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  34.29 
 
 
519 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  34.64 
 
 
515 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  35.13 
 
 
517 aa  256  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  34.43 
 
 
515 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  33.69 
 
 
515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  33.9 
 
 
515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  33.9 
 
 
515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  34.15 
 
 
515 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  37.08 
 
 
539 aa  253  8.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.71 
 
 
474 aa  250  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  31.1 
 
 
479 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  32.52 
 
 
479 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  35.36 
 
 
485 aa  247  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  32.44 
 
 
518 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  31.92 
 
 
517 aa  240  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  44.71 
 
 
1001 aa  238  1e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.27 
 
 
445 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  44.71 
 
 
1021 aa  238  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  34.59 
 
 
527 aa  236  8e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
472 aa  234  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  42.34 
 
 
495 aa  233  5e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  35.81 
 
 
550 aa  233  5e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
459 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  33.24 
 
 
487 aa  233  8.000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.24 
 
 
457 aa  233  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.24 
 
 
499 aa  232  9e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  32.74 
 
 
524 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.26 
 
 
465 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.17 
 
 
395 aa  231  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  46.83 
 
 
562 aa  229  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.5 
 
 
457 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.22 
 
 
475 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  41.96 
 
 
1079 aa  227  3e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  33 
 
 
442 aa  226  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>