181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1553 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1553  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
59 aa  124  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198496  normal  0.0691397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1509  50S ribosomal protein L32  88.14 
 
 
59 aa  113  9e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0171128  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2430  ribosomal protein L32  86.44 
 
 
59 aa  112  2e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0972633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0396  50S ribosomal protein L32  86.44 
 
 
59 aa  109  1e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2013  50S ribosomal protein L32  86.44 
 
 
59 aa  108  2e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0913  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  4e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0957314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0978  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  7e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0979958 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2800  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223415  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2794  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317349  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2482  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.130811  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1715  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0528  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2855  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1805  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2909  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  107  8e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180854  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2185  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  105  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.409214  normal  0.0976531 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0403  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
59 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0999  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.852349  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4231  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0358913  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2914  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1077  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.990769 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0995  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1119  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1070  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793355  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0639  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492807  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1048  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1181  50S ribosomal protein L32  83.05 
 
 
60 aa  104  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2635  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
60 aa  103  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0826  ribosomal protein L32  81.36 
 
 
59 aa  103  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.784617  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3282  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
60 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1387  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
60 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2432  50S ribosomal protein L32  79.66 
 
 
59 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2267  50S ribosomal protein L32  79.66 
 
 
59 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3652  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 
60 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3254  ribosomal protein L32  79.66 
 
 
60 aa  101  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000244715  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0613  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
60 aa  100  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000739879 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0634  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
60 aa  100  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.307696  normal  0.0979505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5274  50S ribosomal protein L32  79.66 
 
 
60 aa  100  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3078  50S ribosomal protein L32  79.66 
 
 
60 aa  99.8  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1070  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  99.4  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.772826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1728  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
60 aa  100  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1913  50S ribosomal protein L32P  73.68 
 
 
62 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1425  50S ribosomal protein L32  70.18 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.249628  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  64.41 
 
 
59 aa  87  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25630  50S ribosomal protein L32  74.07 
 
 
60 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000532355  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2191  50S ribosomal protein L32  74.07 
 
 
60 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1626  50S ribosomal protein L32  68.52 
 
 
60 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.904867  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1237  50S ribosomal protein L32  62.71 
 
 
59 aa  85.9  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.409262  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2005  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
64 aa  85.9  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14890  50S ribosomal protein L32  72.22 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1487  50S ribosomal protein L32  74.07 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1911  50S ribosomal protein L32  74.07 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.361385  unclonable  1.74861e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3803  50S ribosomal protein L32  74.07 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1522  50S ribosomal protein L32  72.22 
 
 
60 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.484698 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  59.32 
 
 
65 aa  84  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1682  50S ribosomal protein L32  68.52 
 
 
55 aa  82.8  1e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.76962e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3503  50S ribosomal protein L32  68.52 
 
 
55 aa  82.8  1e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.66571e-08  hitchhiker  0.00520609 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1574  50S ribosomal protein L32  68.52 
 
 
55 aa  82.8  1e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.66965e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4160  50S ribosomal protein L32  70.37 
 
 
60 aa  82.4  2e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340521  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1644  50S ribosomal protein L32  70.37 
 
 
60 aa  82  3e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119469  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2297  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  81.6  3e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.39706e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3835  ribosomal protein L32  70.37 
 
 
60 aa  82  3e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.460634  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2237  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
56 aa  82  3e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0287764  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2400  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  81.3  4e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.18296e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2628  ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  81.3  4e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.00434e-08  hitchhiker  1.42207e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2562  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  81.3  4e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.44666e-09  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2780  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  81.3  4e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1495  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  81.6  4e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.37731e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2470  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  81.3  4e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.46933e-07  hitchhiker  0.00550798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1625  50S ribosomal protein L32  68.52 
 
 
60 aa  80.9  5e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.701038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1902  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
55 aa  80.9  6e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  6.63482e-10  hitchhiker  5.21877e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1715  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  6e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.25062e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1578  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  6e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  4.27195e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1755  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  6e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.34053e-09  normal  0.279951 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1712  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  6e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.29996e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0868  50S ribosomal protein L32  57.89 
 
 
64 aa  80.9  6e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2652  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  6e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.78579e-11  hitchhiker  3.33205e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1984  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.5  8e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.09039e-08  decreased coverage  0.000595562 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2812  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  80.5  8e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.38596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2507  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  80.5  8e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.63859e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1619  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
56 aa  80.1  9e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  5.29201e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1611  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  79.7  1e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.23515e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2129  ribosomal protein L32  61.02 
 
 
59 aa  79.7  1e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120071  normal  0.0237649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1583  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  79.7  1e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000129748  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  58.93 
 
 
56 aa  79  2e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  8.4206e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  57.63 
 
 
65 aa  78.6  2e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002992  LSU ribosomal protein L32p  61.11 
 
 
56 aa  79.3  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.26442e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02912  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  79.3  2e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1598  50S ribosomal protein L32P  64.81 
 
 
56 aa  79  2e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.208872  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2498  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  78.2  3e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.63288e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1604  50S ribosomal protein L32  67.27 
 
 
57 aa  77.8  5e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.54666e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0708  50S ribosomal protein L32  54.39 
 
 
57 aa  77.8  5e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1599  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  77  7e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.42659e-09  hitchhiker  0.00352794 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1342  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
63 aa  76.6  9e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1346  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
63 aa  76.6  9e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0600  50S ribosomal protein L32  57.89 
 
 
64 aa  76.6  1e-13  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.13317e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2235  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
57 aa  76.6  1e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.5686e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1585  50S ribosomal protein L32  57.89 
 
 
64 aa  76.6  1e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0810373  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2038  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
57 aa  76.6  1e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.93303e-11  hitchhiker  2.54001e-05 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01093  hypothetical protein  65.45 
 
 
57 aa  76.6  1e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.04927e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>