More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1361 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  100 
 
 		 383 aa  747    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  77.28 
 
 		 383 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  77.28 
 
 		 383 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  77.28 
 
 		 383 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  77.28 
 
 		 383 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  76.5 
 
 		 383 aa  574  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0145  RND family efflux transporter MFP subunit  66.84 
 
 		 383 aa  491  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.8 
 
 		 383 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  68.32 
 
 		 383 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  62.17 
 
 		 383 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  63.83 
 
 		 384 aa  457  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.63 
 
 		 378 aa  421  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  58.99 
 
 		 397 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  51.8 
 
 		 406 aa  382  1e-105  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.17 
 
 		 398 aa  363  2e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.51 
 
 		 396 aa  361  1e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  52.57 
 
 		 398 aa  355  7.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  51.08 
 
 		 406 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  48.74 
 
 		 396 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3253  RND family efflux transporter MFP subunit  52.96 
 
 		 397 aa  305  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  46.75 
 
 		 396 aa  302  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3623  secretion protein HlyD  49.46 
 
 		 398 aa  292  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0728465  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  32.53 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 390 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 		 390 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.92 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0382  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.410142  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1362  secretion protein HlyD  27.85 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.27807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.87 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  30.32 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  28.93 
 
 		 360 aa  100  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 357 aa  98.6  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 		 418 aa  97.8  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.19 
 
 		 385 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.09 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 419 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0694  secretion protein HlyD  27.89 
 
 		 417 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.459164  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 369 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 369 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  24.92 
 
 		 348 aa  90.9  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.71 
 
 		 382 aa  90.5  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 372 aa  90.1  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.88 
 
 		 366 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  25.68 
 
 		 371 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  25.68 
 
 		 371 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 371 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  27.25 
 
 		 415 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  27.25 
 
 		 415 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  27.25 
 
 		 415 aa  89  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  27.25 
 
 		 415 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  30.3 
 
 		 367 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  30.97 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 368 aa  88.6  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  27.87 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  28.86 
 
 		 401 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  27.25 
 
 		 455 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 401 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 415 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  27.25 
 
 		 415 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  22.19 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 366 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  27.42 
 
 		 415 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.81 
 
 		 366 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  27.52 
 
 		 415 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 392 aa  87.4  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 414 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  25.68 
 
 		 371 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.86 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 434 aa  86.7  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 384 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 364 aa  86.3  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 385 aa  86.3  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.12 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 355 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  28.97 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  28.97 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  30 
 
 		 367 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  28.97 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  26.49 
 
 		 408 aa  85.5  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 462 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>