More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1121 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  100 
 
 		 198 aa  395  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  54.08 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1928  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  52.28 
 
 		 201 aa  208  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0314739  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  49.22 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0639  Phosphoglycerate mutase  49.72 
 
 		 193 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  43.46 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  44.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  49.45 
 
 		 191 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0703  Fis family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.123579  normal  0.22759 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1696  Phosphoglycerate mutase  45.41 
 
 		 201 aa  158  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  49.44 
 
 		 194 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  46.63 
 
 		 189 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  46.77 
 
 		 188 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  44.86 
 
 		 190 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  46.24 
 
 		 188 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  46.59 
 
 		 188 aa  151  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  44.02 
 
 		 190 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  46.67 
 
 		 194 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  47.46 
 
 		 190 aa  145  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  46.45 
 
 		 189 aa  144  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  42.05 
 
 		 206 aa  141  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  48.03 
 
 		 196 aa  137  7.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  41.15 
 
 		 197 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  35.85 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  34.17 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  38.04 
 
 		 228 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  40.46 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  36.13 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  35.03 
 
 		 213 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0469  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  39.88 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  37.31 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  38.02 
 
 		 222 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  38.02 
 
 		 222 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0873  phosphoglycerate mutase  33.69 
 
 		 247 aa  98.6  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  32.26 
 
 		 208 aa  98.6  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  34.57 
 
 		 370 aa  98.2  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000275954  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2741  phosphoglycerate mutase/fructose-2,6-bisphosphatase  35.6 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.195547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2815  phosphoglycerate mutase  39.08 
 
 		 202 aa  97.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2711  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  41.52 
 
 		 202 aa  96.3  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.319958  normal  0.544372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2177  Phosphoglycerate mutase  32.28 
 
 		 203 aa  94.7  8e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4185  phosphoglycerate mutase  34.43 
 
 		 200 aa  93.2  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3460  Phosphoglycerate mutase  40.56 
 
 		 363 aa  90.1  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  32.22 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1007  phosphoglycerate mutase  31.77 
 
 		 241 aa  89.4  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3502  Phosphoglycerate mutase  34.92 
 
 		 200 aa  89  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0229  fructose-2,6-bisphosphatase  33.89 
 
 		 223 aa  89  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3811  alpha-ribazole phosphatase  35.88 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1544  phosphoglycerate mutase  32.61 
 
 		 256 aa  88.2  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3084  alpha-ribazole phosphatase  32.56 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3895  alpha-ribazole phosphatase  35.29 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0234787 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2494  Phosphoglycerate mutase  39.02 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.439678  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  34.17 
 
 		 237 aa  86.3  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0996  Phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 239 aa  85.9  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3007  phosphoglycerate mutase family protein, putative  38.15 
 
 		 217 aa  85.9  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0603  hypothetical protein  40.58 
 
 		 192 aa  85.9  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  37.12 
 
 		 411 aa  85.9  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14960  fructose-2,6-bisphosphatase  38.52 
 
 		 243 aa  84.7  8e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.588171  normal  0.430385 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  29.83 
 
 		 213 aa  84.7  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0816  phosphoglycerate mutase  35.83 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2789  Phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  33.53 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3137  alpha-ribazole phosphatase  35.76 
 
 		 197 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000105722  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3312  Phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176703  normal  0.738547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3367  phosphoglycerate mutase  31.03 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  34.2 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  31.49 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  30.96 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0327  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  35.8 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  34.33 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3375  Phosphoglycerate mutase  32.96 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3431  Phosphoglycerate mutase  31.25 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3153  alpha-ribazole phosphatase  27.37 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000015335  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3134  putative Alpha-ribazole phosphatase (anaerobic pathway of cobalamin biosynthesis, cobC)  37.16 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2256  phosphoglycerate mutase  39.86 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00135316  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1817  Phosphoglycerate mutase  30.98 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0209  phosphoglycerate mutase  38.82 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  35.71 
 
 		 378 aa  81.6  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  30.94 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000059372  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  34.39 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  33.51 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2288  phosphoglycerate mutase  37.7 
 
 		 155 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  34.39 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07200  fructose-2,6-bisphosphatase  33.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1008  phosphoglycerate mutase  33.67 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3133  Phosphoglycerate mutase  32.2 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0974  phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  27.75 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2273  Phosphoglycerate mutase  32 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1503  Phosphoglycerate mutase  26.98 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  33.17 
 
 		 402 aa  78.6  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4654  Phosphoglycerate mutase  31.4 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000940837 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0690  phosphoglycerate mutase family protein  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  38.8 
 
 		 452 aa  78.6  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1555  Phosphoglycerate mutase  32.63 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1634  alpha-ribazole phosphatase  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135976  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2322  phosphoglycerate mutase family protein  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0938513  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  32.07 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2964  phosphoglycerate mutase family protein  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1033  alpha-ribazole phosphatase  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.341718  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1039  alpha-ribazole phosphatase  40.14 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>