123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1077 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  100 
 
 		 448 aa  917    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  79.91 
 
 		 462 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  36.55 
 
 		 483 aa  287  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  36.01 
 
 		 473 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 		 472 aa  243  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  30.48 
 
 		 456 aa  135  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 		 468 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 479 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 459 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 456 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 		 396 aa  97.4  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  26.85 
 
 		 448 aa  96.7  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.85 
 
 		 423 aa  96.3  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 561 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  27.4 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 455 aa  91.3  4e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 		 581 aa  90.5  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  23.56 
 
 		 582 aa  89.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  24.11 
 
 		 572 aa  89  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  24.68 
 
 		 485 aa  88.2  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  24.46 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  23.45 
 
 		 545 aa  84  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  26.06 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 455 aa  80.5  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  24.73 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 448 aa  80.1  0.00000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 430 aa  79.7  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  24.37 
 
 		 477 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  24.47 
 
 		 480 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 413 aa  78.6  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  24.17 
 
 		 403 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  24.17 
 
 		 403 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 422 aa  77.8  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  23.38 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 412 aa  75.9  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 		 602 aa  75.9  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  32.72 
 
 		 500 aa  74.7  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  24.86 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  24.1 
 
 		 469 aa  73.9  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  29 
 
 		 526 aa  73.6  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  25.87 
 
 		 433 aa  73.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  25.4 
 
 		 582 aa  72  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 		 571 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 508 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  23.69 
 
 		 494 aa  70.1  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 394 aa  69.7  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  24.44 
 
 		 620 aa  68.9  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 		 586 aa  67.4  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  23.33 
 
 		 470 aa  67  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4368  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 255 aa  66.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  23.75 
 
 		 402 aa  66.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  41.24 
 
 		 226 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 		 502 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 		 556 aa  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  23.94 
 
 		 611 aa  63.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  23.16 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.08 
 
 		 389 aa  63.2  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  24.22 
 
 		 483 aa  62.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  24.2 
 
 		 478 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 478 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 		 484 aa  61.6  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  22.68 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  23.8 
 
 		 478 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  30.25 
 
 		 641 aa  60.1  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 469 aa  59.7  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 478 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  27.89 
 
 		 484 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  22.2 
 
 		 606 aa  59.7  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  28.4 
 
 		 462 aa  59.7  0.0000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.64 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  23.76 
 
 		 454 aa  59.3  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  26.12 
 
 		 467 aa  57.8  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  24.5 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0136  transcription regulator  29.53 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0628959  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  27.66 
 
 		 619 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 538 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  41.51 
 
 		 311 aa  57  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  22.42 
 
 		 634 aa  56.6  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  24.32 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 1123 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  21.59 
 
 		 383 aa  56.6  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 		 467 aa  55.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  33.6 
 
 		 1492 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  22.76 
 
 		 472 aa  54.7  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  22.25 
 
 		 481 aa  54.7  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 453 aa  53.9  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  22.15 
 
 		 457 aa  54.3  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  21.92 
 
 		 463 aa  53.5  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  22.64 
 
 		 475 aa  52.8  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 358 aa  52.8  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 687 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  24.64 
 
 		 475 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>