More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0955 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0955  cytidylate kinase  100 
 
 
225 aa  426  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000242866  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0928  cytidylate kinase  57.73 
 
 
226 aa  258  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497834  normal  0.452756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1072  cytidylate kinase  57.73 
 
 
226 aa  258  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000346962  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2070  cytidylate kinase  60.83 
 
 
229 aa  249  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000348998  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3036  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  69.34 
 
 
653 aa  248  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00127659  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1392  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  60.28 
 
 
673 aa  246  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121243  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2468  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  60.28 
 
 
673 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.835531  normal  0.361895 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2883  cytidylate kinase  61.97 
 
 
228 aa  245  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0880838  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2946  cytidylate kinase  61.97 
 
 
228 aa  245  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2995  cytidylate kinase  61.97 
 
 
255 aa  245  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1005  cytidylate kinase  62.26 
 
 
228 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0567  cytidylate kinase  62.26 
 
 
228 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1046  cytidylate kinase  62.26 
 
 
228 aa  244  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0429  cytidylate kinase  61.5 
 
 
228 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0200  cytidylate kinase  61.5 
 
 
228 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2573  cytidylate kinase  61.5 
 
 
228 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0883038  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0948  cytidylate kinase  61.5 
 
 
228 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1637  cytidylate kinase  61.5 
 
 
228 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1542  cytidylate kinase  62.15 
 
 
225 aa  243  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.624713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4159  cytidylate kinase  61.32 
 
 
228 aa  241  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0564  cytidylate kinase  60.81 
 
 
227 aa  240  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0745  cytidylate kinase  58.56 
 
 
228 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.804624  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1279  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  63.08 
 
 
643 aa  238  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.091835  normal  0.851498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1615  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  59.17 
 
 
670 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0930  cytidylate kinase  58.56 
 
 
234 aa  236  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0849  cytidylate kinase  57.87 
 
 
231 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.744629  normal  0.265979 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0778  cytidylate kinase  57.87 
 
 
231 aa  235  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00825892 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3284  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  57.14 
 
 
679 aa  235  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.185076  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  57.67 
 
 
221 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3002  cytidylate kinase  58.37 
 
 
228 aa  234  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.890159  hitchhiker  0.00995031 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3123  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  56.68 
 
 
705 aa  232  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.921195  normal  0.0155282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  56.89 
 
 
232 aa  232  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  57.27 
 
 
229 aa  232  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  57.14 
 
 
228 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2467  cytidylate kinase  55.14 
 
 
225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000550284  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  55.26 
 
 
229 aa  231  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293328  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  57.59 
 
 
228 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  58.33 
 
 
229 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  59.72 
 
 
674 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0963  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  58.49 
 
 
699 aa  231  8.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0981  cytidylate kinase  57.47 
 
 
228 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233916  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2570  cytidylate kinase  58.41 
 
 
221 aa  230  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138254  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  57.21 
 
 
225 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  57.14 
 
 
228 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0908  cytidylate kinase  55.09 
 
 
230 aa  228  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1332  cytidylate kinase  60.75 
 
 
219 aa  228  5e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000433479  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1749  cytidylate kinase  56.89 
 
 
229 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00238031  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1790  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  56.87 
 
 
668 aa  228  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1567  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  57.6 
 
 
669 aa  227  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.484392  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0922  cytidylate kinase  62.26 
 
 
228 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.210089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3643  cytidylate kinase  57.6 
 
 
229 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000551434  normal  0.674927 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0721  cytidylate kinase  57.48 
 
 
219 aa  226  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0824528  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0926  cytidylate kinase  61.79 
 
 
228 aa  225  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.293692 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2258  cytidylate kinase  61.79 
 
 
228 aa  224  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179289  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2072  cytidylate kinase  52.04 
 
 
230 aa  224  8e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000270816  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4723  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  52.75 
 
 
675 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86018  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1026  cytidylate kinase  57.82 
 
 
226 aa  222  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000434199  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1211  cytidylate kinase  60.27 
 
 
235 aa  222  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00218748  normal  0.15361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2310  cytidylate kinase  53 
 
 
230 aa  222  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000698578  hitchhiker  0.000000443143 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  53.7 
 
 
667 aa  222  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  53 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  53 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  53 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2299  cytidylate kinase  52.04 
 
 
230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000399193  unclonable  0.0000000000955893 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1752  cytidylate kinase  51.38 
 
 
227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000925539  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3014  cytidylate kinase  52.61 
 
 
228 aa  219  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000196489  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  53.39 
 
 
227 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  53.39 
 
 
227 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  53.39 
 
 
227 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  53.39 
 
 
227 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  53.39 
 
 
227 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  52.04 
 
 
230 aa  217  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000166074  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000397985  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000277871  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2334  cytidylate kinase  52.8 
 
 
226 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000116453  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000459306  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  53.42 
 
 
227 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287427  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1735  cytidylate kinase  52.94 
 
 
231 aa  217  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610181  decreased coverage  0.000087686 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  52.04 
 
 
230 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000820305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000200966  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  52.94 
 
 
227 aa  217  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000134482  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  52.04 
 
 
230 aa  216  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  unclonable  0.0000241467 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1953  cytidylate kinase  54.09 
 
 
230 aa  215  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000156815  hitchhiker  0.0000548451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  53.49 
 
 
229 aa  215  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000112654  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02861  cytidylate kinase  54.75 
 
 
226 aa  215  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2002  cytidylate kinase  53.88 
 
 
225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0311014  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1734  cytidylate kinase  53.88 
 
 
225 aa  214  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000603603  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2124  cytidylate kinase  52.04 
 
 
229 aa  214  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109139  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  54.79 
 
 
224 aa  214  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2403  cytidylate kinase  50.68 
 
 
230 aa  214  9e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  54.3 
 
 
226 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000338917  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0179  cytidylate kinase  52.04 
 
 
227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000847233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1309  cytidylate kinase  55.14 
 
 
215 aa  212  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000117223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  50.23 
 
 
230 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000246913  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2280  cytidylate kinase  51.85 
 
 
230 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000793863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2065  cytidylate kinase  51.85 
 
 
230 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000105966  unclonable  0.00000000000213103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>