More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0924 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0924  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  100 
 
 
260 aa  530  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171605  normal  0.571441 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.61 
 
 
259 aa  299  4e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.191846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 
259 aa  292  3e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.965402  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
263 aa  245  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
256 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
256 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0881608 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
256 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735777  normal  0.247355 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
258 aa  204  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
261 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
265 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  39.77 
 
 
268 aa  191  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  41.86 
 
 
266 aa  187  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
277 aa  185  8e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.837634  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
261 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
269 aa  182  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  43.2 
 
 
261 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  40.61 
 
 
269 aa  181  8.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
269 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
261 aa  178  7e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  42.8 
 
 
261 aa  178  7e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
269 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0867  acetoin dehydrogenase  42.56 
 
 
279 aa  172  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0804666  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0443  glucose 1-dehydrogenase  41 
 
 
266 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
270 aa  167  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  38 
 
 
261 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
271 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40299  normal  0.0331692 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
268 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.657401  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
286 aa  165  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0712  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.87 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000308432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
248 aa  163  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
253 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
251 aa  163  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  38.49 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  36.8 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  162  6e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
286 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  36.8 
 
 
261 aa  161  9e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
245 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  36.4 
 
 
261 aa  160  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
266 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
285 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
253 aa  159  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
245 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  158  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
288 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
262 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
245 aa  157  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3947  acetoin dehydrogenase  41.94 
 
 
272 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.203459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
248 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
272 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02067  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  38.55 
 
 
253 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
253 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02025  hypothetical protein  38.55 
 
 
253 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.96 
 
 
247 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
268 aa  154  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.271129  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
247 aa  154  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
245 aa  154  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
247 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
268 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  38.96 
 
 
253 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.75 
 
 
245 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
245 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
245 aa  154  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
247 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2427  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  152  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  152  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  152  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
255 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
253 aa  152  7e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
285 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2409  acetoin dehydrogenase  38.55 
 
 
260 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
244 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  33.33 
 
 
263 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
247 aa  151  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
260 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2517  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
260 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
300 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2405  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
260 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
261 aa  149  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.499955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
334 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
286 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
274 aa  149  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.28571  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2316  acetoin dehydrogenase  38.15 
 
 
260 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>