More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0909 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  58.26 
 
 		 705 aa  803    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  100 
 
 		 711 aa  1446    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 702 aa  307  5.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 		 702 aa  303  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 779 aa  297  4e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 757 aa  292  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 		 705 aa  291  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 735 aa  281  3e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  29.9 
 
 		 670 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 708 aa  269  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 781 aa  266  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  28.71 
 
 		 725 aa  263  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  31.04 
 
 		 684 aa  255  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  24.68 
 
 		 687 aa  174  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 698 aa  147  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.44 
 
 		 706 aa  144  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.44 
 
 		 706 aa  144  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.14 
 
 		 706 aa  144  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.15 
 
 		 721 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.7 
 
 		 706 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 700 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 700 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.35 
 
 		 728 aa  137  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 675 aa  135  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.07 
 
 		 701 aa  132  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 700 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 700 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 700 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 700 aa  124  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 700 aa  124  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.61 
 
 		 700 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.61 
 
 		 700 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 700 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 715 aa  120  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 688 aa  119  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 705 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 678 aa  108  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.93 
 
 		 703 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 742 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 730 aa  105  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 757 aa  102  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 709 aa  100  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 705 aa  100  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.92 
 
 		 710 aa  99  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.27 
 
 		 616 aa  98.2  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 706 aa  97.8  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  23.81 
 
 		 687 aa  97.8  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 666 aa  96.3  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 737 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.83 
 
 		 726 aa  94  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 675 aa  93.2  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 623 aa  93.2  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 634 aa  93.2  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 681 aa  92.8  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  33.49 
 
 		 705 aa  92.8  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  23.79 
 
 		 691 aa  92.8  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.98 
 
 		 690 aa  91.3  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  25.73 
 
 		 726 aa  90.9  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03722  outer membrane hemin receptor signal peptide protein  25.45 
 
 		 741 aa  90.9  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000281288  normal  0.0836882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  23.49 
 
 		 743 aa  90.1  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 		 709 aa  90.5  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 741 aa  89.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  22.99 
 
 		 704 aa  88.6  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  22.96 
 
 		 758 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 687 aa  88.6  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 705 aa  88.2  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 		 678 aa  87.8  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  23.44 
 
 		 703 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  30.8 
 
 		 617 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 694 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  20.38 
 
 		 656 aa  86.3  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.59 
 
 		 681 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 764 aa  85.9  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  22.31 
 
 		 746 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 696 aa  85.1  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  28.09 
 
 		 631 aa  84.7  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1509  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 882 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.826442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1422  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 881 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0020  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 881 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.655193  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 702 aa  84.3  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  23.84 
 
 		 817 aa  84.3  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1486  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 693 aa  84  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.643669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 777 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  22.31 
 
 		 719 aa  83.2  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0671  TonB-dependent receptor, putative  30.14 
 
 		 768 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  23.04 
 
 		 713 aa  82.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 740 aa  82.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 873 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1180  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 679 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14569  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  22.68 
 
 		 747 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1162  TonB-dependent siderophore receptor  24.28 
 
 		 881 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283901  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0139  TonB-dependent siderophore receptor  24.28 
 
 		 921 aa  82  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0354912  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0418  TonB-dependent siderophore receptor  24.28 
 
 		 921 aa  82  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5315  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.41 
 
 		 767 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 709 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  23.24 
 
 		 757 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  21.79 
 
 		 703 aa  81.6  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>