74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0812 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  100 
 
 		 306 aa  604  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  60.78 
 
 		 279 aa  310  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  58.08 
 
 		 298 aa  291  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  56.92 
 
 		 290 aa  278  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  47.87 
 
 		 304 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  47.16 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  48.68 
 
 		 302 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  48.3 
 
 		 302 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  44.2 
 
 		 279 aa  263  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  53.15 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  48.11 
 
 		 309 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  55.21 
 
 		 326 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  55.21 
 
 		 375 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  47.73 
 
 		 315 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  48.11 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  46.79 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  51.98 
 
 		 298 aa  256  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  50.57 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  53.02 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  47.55 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  47.89 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  49.8 
 
 		 283 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  46.15 
 
 		 282 aa  242  6e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  49.4 
 
 		 337 aa  242  6e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.49 
 
 		 279 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  45.85 
 
 		 288 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  45.68 
 
 		 292 aa  234  9e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  43.01 
 
 		 291 aa  233  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  41.2 
 
 		 284 aa  232  5e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 281 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.58 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  46.25 
 
 		 270 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.71 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  40.28 
 
 		 282 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  43.8 
 
 		 281 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  39.37 
 
 		 275 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.84 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.84 
 
 		 282 aa  206  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  36.09 
 
 		 282 aa  206  6e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  37.17 
 
 		 312 aa  205  7e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.06 
 
 		 272 aa  204  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  40.15 
 
 		 266 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  39.69 
 
 		 272 aa  202  5e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.67 
 
 		 271 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  41.64 
 
 		 282 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  37.23 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  34.25 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.72 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  31.13 
 
 		 847 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.14 
 
 		 825 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 		 882 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  40.51 
 
 		 831 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  29.1 
 
 		 864 aa  54.7  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.07 
 
 		 845 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.16 
 
 		 437 aa  52.8  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 		 412 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 437 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 		 437 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  42.68 
 
 		 816 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.59 
 
 		 797 aa  48.1  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.55 
 
 		 778 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  37.04 
 
 		 828 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  23.34 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  24.89 
 
 		 822 aa  46.6  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 901 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  27.38 
 
 		 546 aa  46.2  0.0007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  27.67 
 
 		 833 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  29.32 
 
 		 866 aa  45.8  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  29.86 
 
 		 845 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  29.93 
 
 		 358 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.91 
 
 		 588 aa  43.9  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.99 
 
 		 583 aa  43.5  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  25.78 
 
 		 376 aa  43.5  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.35 
 
 		 833 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>