More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0764 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 554 aa  1113    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  50.95 
 
 		 585 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  49.02 
 
 		 614 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  47.12 
 
 		 577 aa  425  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  45.81 
 
 		 537 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.05 
 
 		 563 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  38.25 
 
 		 546 aa  363  5.0000000000000005e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38 
 
 		 556 aa  359  6e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  40 
 
 		 561 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  41.43 
 
 		 549 aa  355  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39 
 
 		 558 aa  355  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.85 
 
 		 567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.89 
 
 		 572 aa  353  5.9999999999999994e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39.15 
 
 		 561 aa  349  6e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.73 
 
 		 562 aa  348  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39.34 
 
 		 561 aa  348  1e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39.15 
 
 		 561 aa  348  1e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.04 
 
 		 556 aa  348  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.24 
 
 		 559 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.44 
 
 		 559 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.44 
 
 		 559 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.44 
 
 		 559 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  37.23 
 
 		 543 aa  345  2e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  40.12 
 
 		 560 aa  342  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.73 
 
 		 550 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  39.96 
 
 		 544 aa  333  6e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  39.72 
 
 		 530 aa  332  9e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  35.8 
 
 		 538 aa  331  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  35.33 
 
 		 569 aa  326  8.000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  37.39 
 
 		 559 aa  324  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  38.07 
 
 		 609 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  27.73 
 
 		 625 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  27.78 
 
 		 546 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.31 
 
 		 830 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.39 
 
 		 563 aa  170  8e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  28.69 
 
 		 547 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  27.87 
 
 		 512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.05 
 
 		 508 aa  158  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  26.59 
 
 		 539 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.73 
 
 		 581 aa  157  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.68 
 
 		 506 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  27.45 
 
 		 541 aa  150  8e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  24.58 
 
 		 470 aa  148  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  24.37 
 
 		 470 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  23.75 
 
 		 470 aa  146  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  32.13 
 
 		 594 aa  140  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  22.48 
 
 		 569 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.36 
 
 		 463 aa  137  7.000000000000001e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.53 
 
 		 660 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.93 
 
 		 745 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.15 
 
 		 506 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  27.66 
 
 		 751 aa  123  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 787 aa  123  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  32.23 
 
 		 736 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.22 
 
 		 740 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  27.64 
 
 		 716 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 738 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.06 
 
 		 776 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 781 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  23.57 
 
 		 527 aa  116  7.999999999999999e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.08 
 
 		 781 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.61 
 
 		 763 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  27.6 
 
 		 753 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  25.21 
 
 		 915 aa  114  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  32.23 
 
 		 702 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.48 
 
 		 805 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  27.03 
 
 		 696 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.99 
 
 		 675 aa  112  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.12 
 
 		 810 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.27 
 
 		 574 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.74 
 
 		 747 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  29.57 
 
 		 728 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  31.36 
 
 		 686 aa  109  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  26.99 
 
 		 689 aa  108  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  28.89 
 
 		 780 aa  107  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 		 829 aa  106  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  27.04 
 
 		 714 aa  106  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  24.41 
 
 		 424 aa  106  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  27.99 
 
 		 670 aa  105  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  27.35 
 
 		 833 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  27.3 
 
 		 640 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  27.12 
 
 		 640 aa  105  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  25.27 
 
 		 693 aa  105  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  29.45 
 
 		 783 aa  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 793 aa  103  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  27.05 
 
 		 807 aa  103  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  28.48 
 
 		 775 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  22.61 
 
 		 580 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  23.77 
 
 		 672 aa  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  27.81 
 
 		 750 aa  101  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  26.2 
 
 		 819 aa  101  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  26.4 
 
 		 655 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  30.42 
 
 		 803 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  28.31 
 
 		 559 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  28.38 
 
 		 733 aa  100  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  29.04 
 
 		 715 aa  100  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  24.92 
 
 		 681 aa  100  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.85 
 
 		 894 aa  99.4  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  22.82 
 
 		 683 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  27.36 
 
 		 726 aa  99.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>