More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0734 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0734  putative short chain dehydrogenase  100 
 
 
242 aa  488  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.491859  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.92 
 
 
271 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.92 
 
 
271 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.169206  normal  0.0484523 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3043  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1991  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1390  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399104  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1014  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2278  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  266  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.72 
 
 
238 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3172  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.36 
 
 
251 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.56 
 
 
249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
249 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
251 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
259 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.72 
 
 
241 aa  262  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
251 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
249 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4388  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.87 
 
 
249 aa  245  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.520799  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
242 aa  191  7e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00246779  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 
247 aa  188  8e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
244 aa  141  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.69 
 
 
255 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
248 aa  138  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
238 aa  138  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.644121  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
241 aa  136  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2590  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 
236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 
249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2220  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.53 
 
 
260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1674  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.51 
 
 
261 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.36 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
226 aa  132  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.820451  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
261 aa  131  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.126746  normal  0.0331408 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.87 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3826  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2411  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.75 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.520745  normal  0.812558 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  34.82 
 
 
247 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.91 
 
 
246 aa  129  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.832513  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.04 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41710  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
264 aa  129  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.02 
 
 
246 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
257 aa  128  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
258 aa  128  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
283 aa  128  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
275 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  34.38 
 
 
247 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  37.57 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  38.91 
 
 
272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  39.33 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.26 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
244 aa  126  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  37.02 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  38.49 
 
 
257 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  38.49 
 
 
257 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 
249 aa  125  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  38.49 
 
 
257 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10628  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 
239 aa  125  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
261 aa  125  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.91 
 
 
246 aa  125  9e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.8 
 
 
258 aa  124  9e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
250 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.83 
 
 
257 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.76 
 
 
263 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.36 
 
 
270 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  40.17 
 
 
258 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.3 
 
 
241 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
252 aa  123  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
260 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.84 
 
 
258 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.33 
 
 
249 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
255 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
259 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
251 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.26 
 
 
258 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
243 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0160173  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
252 aa  123  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.8 
 
 
258 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.73 
 
 
249 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
262 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  39.36 
 
 
252 aa  123  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
271 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.8 
 
 
258 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.91 
 
 
240 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>