More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0717 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 402 aa  813    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  71.46 
 
 		 408 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.64 
 
 		 392 aa  395  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  52.2 
 
 		 413 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 394 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  55.08 
 
 		 396 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50 
 
 		 397 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  52.48 
 
 		 398 aa  359  6e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  47.12 
 
 		 400 aa  355  7.999999999999999e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.39 
 
 		 400 aa  346  4e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.39 
 
 		 400 aa  346  4e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.24 
 
 		 421 aa  341  1e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.43 
 
 		 405 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  47.77 
 
 		 418 aa  335  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.34 
 
 		 402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.4 
 
 		 388 aa  315  7e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.56 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.87 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.95 
 
 		 392 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.04 
 
 		 362 aa  256  5e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  38.29 
 
 		 453 aa  213  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  37.19 
 
 		 484 aa  202  9e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.24 
 
 		 411 aa  193  5e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.62 
 
 		 411 aa  186  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.59 
 
 		 429 aa  186  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.18 
 
 		 431 aa  182  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.9 
 
 		 415 aa  179  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.74 
 
 		 428 aa  177  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.48 
 
 		 419 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  35.53 
 
 		 419 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  35.53 
 
 		 419 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.25 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  34.21 
 
 		 402 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.31 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  34.16 
 
 		 451 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.89 
 
 		 402 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.99 
 
 		 416 aa  163  6e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  34.5 
 
 		 421 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.85 
 
 		 410 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.36 
 
 		 402 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 422 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.69 
 
 		 421 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 421 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.13 
 
 		 409 aa  158  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.25 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  33.16 
 
 		 423 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  32.1 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.25 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  32.89 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.56 
 
 		 440 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 		 445 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 		 414 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  33.6 
 
 		 418 aa  156  6e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 		 414 aa  156  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 413 aa  156  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.58 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.86 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 410 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.47 
 
 		 412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.1 
 
 		 442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 414 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  32.26 
 
 		 414 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.74 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  32.51 
 
 		 421 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.08 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.91 
 
 		 404 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 		 417 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 430 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.82 
 
 		 408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  31.96 
 
 		 414 aa  146  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  31.79 
 
 		 415 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  29.84 
 
 		 417 aa  146  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  31.79 
 
 		 415 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  30.39 
 
 		 384 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  30.6 
 
 		 431 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 		 417 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  33.68 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.01 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  28.01 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  29.65 
 
 		 402 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  32.11 
 
 		 431 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  30.08 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  33.15 
 
 		 422 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  33.24 
 
 		 421 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  30.41 
 
 		 416 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  32.11 
 
 		 431 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 		 421 aa  144  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  32.98 
 
 		 427 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  31.51 
 
 		 415 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 414 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  31.72 
 
 		 420 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 		 414 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>