More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0698 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  67.21 
 
 		 491 aa  659    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  66.53 
 
 		 491 aa  640    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  66.6 
 
 		 491 aa  652    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  67.96 
 
 		 491 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  68.71 
 
 		 490 aa  686    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  665    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  100 
 
 		 492 aa  979    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1475  transcription elongation factor NusA  66.94 
 
 		 491 aa  642    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  67.14 
 
 		 491 aa  646    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  73.06 
 
 		 495 aa  696    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  67.55 
 
 		 491 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  65.85 
 
 		 493 aa  646    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  69.73 
 
 		 491 aa  682    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  71.63 
 
 		 488 aa  671    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  651    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  67.55 
 
 		 491 aa  661    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  67.14 
 
 		 491 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  66.46 
 
 		 493 aa  655    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  66.53 
 
 		 491 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  67.76 
 
 		 491 aa  649    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  67.41 
 
 		 491 aa  658    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  67.14 
 
 		 491 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  67.55 
 
 		 491 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  64.08 
 
 		 492 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  64.56 
 
 		 492 aa  637    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  62.4 
 
 		 506 aa  628  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  63.75 
 
 		 494 aa  629  1e-179  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  62.73 
 
 		 494 aa  622  1e-177  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2747  NusA antitermination factor  62.73 
 
 		 494 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  62.53 
 
 		 506 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  62.53 
 
 		 494 aa  620  1e-176  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2750  NusA antitermination factor  62.12 
 
 		 494 aa  612  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.504995  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2989  NusA antitermination factor  63.08 
 
 		 495 aa  605  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2133  NusA antitermination factor  61.59 
 
 		 498 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.502906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  58.99 
 
 		 495 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  60.04 
 
 		 493 aa  578  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  60.04 
 
 		 493 aa  578  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  59.76 
 
 		 498 aa  578  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  58.13 
 
 		 501 aa  565  1e-160  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  57.2 
 
 		 506 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  58.86 
 
 		 491 aa  564  1.0000000000000001e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  59.39 
 
 		 501 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  56.5 
 
 		 493 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  56.5 
 
 		 493 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1122  NusA antitermination factor  55.67 
 
 		 495 aa  552  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  55.53 
 
 		 499 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  56.62 
 
 		 493 aa  550  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  55.98 
 
 		 497 aa  545  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  56.3 
 
 		 493 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  56.3 
 
 		 493 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  56.1 
 
 		 493 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  56.1 
 
 		 493 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  55.38 
 
 		 503 aa  535  1e-151  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  56.71 
 
 		 493 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  55.89 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  55.69 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  55.89 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  55.38 
 
 		 503 aa  535  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1694  NusA antitermination factor  54.45 
 
 		 497 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0778  transcription elongation factor NusA  55.08 
 
 		 493 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311397  normal  0.0634223 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1026  NusA antitermination factor  53.54 
 
 		 496 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.152945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  53.43 
 
 		 498 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  56.84 
 
 		 503 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0816  NusA antitermination factor  50.81 
 
 		 499 aa  512  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.706967  hitchhiker  0.00205757 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  54.53 
 
 		 503 aa  510  1e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  54.73 
 
 		 503 aa  511  1e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002608  transcription termination protein NusA  51.92 
 
 		 495 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000346209  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  51.72 
 
 		 495 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3061  transcription elongation factor NusA  52.52 
 
 		 499 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000291489  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1127  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000246453  unclonable  0.00000000000839394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2202  transcription termination factor NusA  51.62 
 
 		 497 aa  499  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  501  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2835  transcription elongation factor NusA  52.72 
 
 		 499 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0457826  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  53.77 
 
 		 492 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  53.77 
 
 		 492 aa  499  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  55.89 
 
 		 495 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  55.17 
 
 		 497 aa  498  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3562  transcription elongation factor NusA  51.11 
 
 		 499 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.490076  decreased coverage  0.000000857333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3418  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  hitchhiker  0.000891299 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  52.11 
 
 		 499 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  52.11 
 
 		 499 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2828  transcription elongation factor NusA  52.11 
 
 		 499 aa  500  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00193559  hitchhiker  0.00416619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3240  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.001866  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3281  transcription elongation factor NusA  52.31 
 
 		 499 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000185934  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  51.91 
 
 		 499 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0989  transcription elongation factor NusA  50.5 
 
 		 499 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0722775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3390  transcription elongation factor NusA  51.01 
 
 		 499 aa  495  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000181989  hitchhiker  0.00101946 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  51.21 
 
 		 496 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0173  transcription elongation factor NusA  50.91 
 
 		 495 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000303519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3347  transcription elongation factor NusA  51.21 
 
 		 496 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  50.2 
 
 		 495 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  50.2 
 
 		 495 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>