223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0597 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0597  pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
380 aa  748    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.601567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3387  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  45.75 
 
 
380 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2982  Pyrrolo-quinoline quinone  45.55 
 
 
386 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2374  Pyrrolo-quinoline quinone  43.09 
 
 
450 aa  288  9e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.145531  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1218  lipoprotein transmembrane  40.48 
 
 
388 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.032892  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1417  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  41.62 
 
 
386 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0124773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1466  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  42.49 
 
 
381 aa  260  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1615  Pyrrolo-quinoline quinone  44.42 
 
 
390 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904136 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1747  Pyrrolo-quinoline quinone  42.49 
 
 
381 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.698447  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1720  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  42.69 
 
 
350 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.363455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2083  Pyrrolo-quinoline quinone  38.83 
 
 
392 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.397286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2103  Pyrrolo-quinoline quinone  38.5 
 
 
383 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0841326  normal  0.0433282 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6270  Pyrrolo-quinoline quinone  42.05 
 
 
381 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.729477  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1809  Pyrrolo-quinoline quinone  42.05 
 
 
381 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1833  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  41.76 
 
 
381 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1062  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  39.67 
 
 
392 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5110  Pyrrolo-quinoline quinone  42.21 
 
 
381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.205621  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1154  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  39.67 
 
 
392 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.536052 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2237  putative lipoprotein  41.48 
 
 
381 aa  253  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1342  putative lipoprotein  41.19 
 
 
381 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2351  PQQ repeat-containing protein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1832  putative lipoprotein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.999368  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0065  putative lipoprotein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2187  PQQ repeat-containing protein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508226  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2225  PQQ repeat-containing protein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1104  putative lipoprotein  41.19 
 
 
381 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244149  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2538  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  40.62 
 
 
381 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0468312  hitchhiker  0.00031384 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1597  transcription accessory protein, TEX  40.34 
 
 
386 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207769  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0821  Pyrrolo-quinoline quinone  37.03 
 
 
372 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.403647  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1288  Pyrrolo-quinoline quinone  35.9 
 
 
388 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.38604  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0667  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  34.13 
 
 
385 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0899  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  35.62 
 
 
380 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4598  Pyrrolo-quinoline quinone  36.36 
 
 
380 aa  223  6e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40260  YfgL-like phosphoquinolipoprotein kinase  35.88 
 
 
384 aa  222  9e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0902958  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0856  hypothetical protein  35.36 
 
 
380 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3497  Pyrrolo-quinoline quinone  36.46 
 
 
379 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4322  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  35.62 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0886  Pyrrolo-quinoline quinone  35.36 
 
 
380 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.80102  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1661  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  34.18 
 
 
402 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1251  quinoprotein  35.51 
 
 
381 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.926962  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14910  hypothetical protein  37.29 
 
 
380 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1314  hypothetical protein  37.29 
 
 
380 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.605472  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1437  PQQ enzyme repeat domain protein  35.41 
 
 
384 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1499  hypothetical protein  29.18 
 
 
384 aa  203  4e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1484  hypothetical protein  28.91 
 
 
384 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1254  Pyrrolo-quinoline quinone  40.37 
 
 
383 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763008  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2046  hypothetical protein  45.34 
 
 
400 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500116  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0737  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  35.34 
 
 
396 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.918396  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1786  Pyrrolo-quinoline quinone  37.11 
 
 
381 aa  187  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06109  serine/threonine protein kinase  30.65 
 
 
400 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144457  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01057  serine/threonine protein kinase  30.65 
 
 
400 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.553657  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2190  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  34.75 
 
 
380 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1427  Pyrrolo-quinoline quinone  34.67 
 
 
385 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.390879  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1993  hypothetical protein  33.99 
 
 
369 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.041512 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0624  Pyrrolo-quinoline quinone  30.33 
 
 
417 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1437  PQQ repeat-containing protein  32.47 
 
 
384 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.234341  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1308  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  33.68 
 
 
395 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000307899  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1130  Pyrrolo-quinoline quinone  30.92 
 
 
389 aa  176  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3011  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.37 
 
 
393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1712  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  29.63 
 
 
411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.368  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1121  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.37 
 
 
393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1547  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  31.23 
 
 
395 aa  173  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00611389  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1776  serine/threonine protein kinase  29.63 
 
 
411 aa  172  5.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.801728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2734  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.1 
 
 
393 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2857  Pyrrolo-quinoline quinone  32.44 
 
 
387 aa  172  6.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.725617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  31.91 
 
 
381 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.646508  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0415  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.26 
 
 
393 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.873233  hitchhiker  0.00131878 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3606  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.85 
 
 
393 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1296  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.26 
 
 
393 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1189  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.26 
 
 
393 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0343666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0732  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.69 
 
 
385 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2197  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  31.25 
 
 
385 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.763782  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1261  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.86 
 
 
393 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1293  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  33.33 
 
 
395 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.664438  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0291  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.79 
 
 
386 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2671  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.71 
 
 
392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2714  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.71 
 
 
392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2777  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.71 
 
 
392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985011  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2758  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.71 
 
 
392 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.267883 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1171  Pyrrolo-quinoline quinone  28.68 
 
 
399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0406546  normal  0.22444 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2888  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.44 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1156  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  28.65 
 
 
392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00537914  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1435  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  30.88 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00436536  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3736  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.65 
 
 
392 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550553  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2664  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.38 
 
 
392 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.280231 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1259  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  34.77 
 
 
395 aa  162  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0514835  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1899  Pyrrolo-quinoline quinone  30.05 
 
 
398 aa  162  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000513554  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02404  protein assembly complex, lipoprotein component  28.38 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.005806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2663  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.38 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000327746  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02366  hypothetical protein  28.38 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0111233  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2796  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.38 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000117492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1165  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.38 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.035422  normal  0.0264667 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2891  putative lipoprotein  31.2 
 
 
395 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2887  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.38 
 
 
392 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00225508  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004346  YfgL protein  28.08 
 
 
386 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01070  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  29.26 
 
 
386 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1119  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.35 
 
 
411 aa  159  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3006  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  28.27 
 
 
392 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.901484  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1936  PQQ enzyme repeat domain protein  28.91 
 
 
395 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1608  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  28.91 
 
 
395 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0821312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>