61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0562 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0562  nitric-oxide reductase subunit C  100 
 
 		 141 aa  296  5e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000244582  normal  0.667506 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2597  cytochrome c class I  73.76 
 
 		 141 aa  204  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.570262  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1469  putative nitric-oxide reductase subunit C  65 
 
 		 144 aa  202  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0490072 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0600  nitric-oxide reductase, C subunit  59.46 
 
 		 148 aa  197  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0121  nitric-oxide reductase  59.59 
 
 		 146 aa  193  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.281519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0624  nitric-oxide reductase subunit C  57.53 
 
 		 146 aa  193  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06810  nitric-oxide reductase subunit C  57.53 
 
 		 146 aa  191  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3114  nitric-oxide reductase  55.03 
 
 		 149 aa  188  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.848793  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2088  nitric-oxide reductase subunit C  52.67 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.601343  normal  0.740001 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1515  nitric-oxide reductase  54 
 
 		 150 aa  168  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6289  cytochrome c class I  51.97 
 
 		 150 aa  168  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3190  cytochrome c, class I  61.27 
 
 		 142 aa  167  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0224  nitric-oxide reductase, small subunit  50 
 
 		 150 aa  163  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.501338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1850  nitric-oxide reductase  51.33 
 
 		 173 aa  164  5.9999999999999996e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4386  cytochrome c class I  48.67 
 
 		 150 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0248  nitric-oxide reductase, small subunit  49.33 
 
 		 150 aa  161  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1981  nitric-oxide reductase  55.41 
 
 		 148 aa  161  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2117  nitric-oxide reductase  47.33 
 
 		 150 aa  156  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916968 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0970  hypothetical protein  50.33 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0324  nitric oxide reductase subunit C, cytochrome c  49.33 
 
 		 150 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.115359  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1969  nitric-oxide reductase  49.33 
 
 		 150 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1641  nitric-oxide reductase, small subunit  51.33 
 
 		 150 aa  147  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2484  nitric-oxide reductase  49.33 
 
 		 150 aa  145  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.595154 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3183  nitric-oxide reductase subunit C  42 
 
 		 150 aa  135  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1256  cytochrome c, class I  36.03 
 
 		 272 aa  102  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0822  nitric oxide reductase, cytochrome c-containing subunit  33.58 
 
 		 277 aa  100  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3436  cytochrome c, class I  36.44 
 
 		 290 aa  90.1  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.441606  normal  0.713637 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2768  cytochrome c class I  36.44 
 
 		 290 aa  90.1  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.712603  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1249  cytochrome c class I  31.16 
 
 		 238 aa  88.6  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3033  cytochrome c class I  32.61 
 
 		 238 aa  88.6  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2759  cytochrome c class I  33.09 
 
 		 253 aa  87  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2254  hypothetical protein  30.21 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2401  hypothetical protein  36.63 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1983  nitric-oxide reductase subunit NorC  34.95 
 
 		 228 aa  57.8  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000092612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  37.76 
 
 		 381 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  37.76 
 
 		 372 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  37.76 
 
 		 372 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  31.4 
 
 		 311 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0773  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 326 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 535 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  32.08 
 
 		 278 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  32.08 
 
 		 278 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  29.29 
 
 		 487 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  32.08 
 
 		 277 aa  43.5  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 487 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  32.08 
 
 		 278 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  32.97 
 
 		 295 aa  42.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  31.46 
 
 		 349 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  29.81 
 
 		 535 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  29.2 
 
 		 280 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 535 aa  41.6  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 535 aa  41.6  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 487 aa  42  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 		 535 aa  41.6  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  30.97 
 
 		 278 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0077  nitrite reductase (NO-forming)  32.5 
 
 		 575 aa  41.2  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.459085 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  30.97 
 
 		 278 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  32.58 
 
 		 352 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  28.57 
 
 		 356 aa  40.8  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1478  cytochrome CytM  34.94 
 
 		 145 aa  40.4  0.009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.611234 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2122  cytochrome c, class I  24 
 
 		 312 aa  40  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.959895  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>