More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0470 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0470  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
126 aa  249  8.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.720081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 
127 aa  191  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  70.87 
 
 
129 aa  189  9e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  74.6 
 
 
128 aa  188  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  69.6 
 
 
126 aa  184  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  68.8 
 
 
126 aa  184  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  71.43 
 
 
128 aa  178  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  68 
 
 
126 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  66.4 
 
 
126 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 
126 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 
126 aa  177  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 
126 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 
126 aa  176  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  67.2 
 
 
126 aa  174  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  68.25 
 
 
126 aa  172  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  66.4 
 
 
126 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  67.2 
 
 
126 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  66.67 
 
 
127 aa  170  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  68 
 
 
127 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 
127 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 
127 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  64.29 
 
 
128 aa  167  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  65.6 
 
 
127 aa  167  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  68.25 
 
 
127 aa  167  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  167  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 
127 aa  166  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 
127 aa  166  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 
127 aa  165  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  63.2 
 
 
128 aa  164  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  64.8 
 
 
127 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  64 
 
 
127 aa  164  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  62.4 
 
 
127 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  61.6 
 
 
127 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  63.49 
 
 
128 aa  160  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  61.11 
 
 
128 aa  160  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  59.35 
 
 
126 aa  157  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  60.66 
 
 
127 aa  157  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  62.7 
 
 
128 aa  155  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  62.4 
 
 
129 aa  156  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  62.6 
 
 
129 aa  154  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  58.54 
 
 
126 aa  154  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  59.52 
 
 
128 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  60.66 
 
 
128 aa  150  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  59.84 
 
 
128 aa  148  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  58.06 
 
 
129 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  58.73 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  56.69 
 
 
128 aa  143  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  57.6 
 
 
148 aa  140  5e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  58.54 
 
 
126 aa  140  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  56 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  57.26 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 
151 aa  135  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  51.18 
 
 
131 aa  135  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  57.38 
 
 
129 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  57.38 
 
 
129 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  53.97 
 
 
151 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  50.82 
 
 
132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  51.67 
 
 
126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  56.1 
 
 
128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  50.4 
 
 
129 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  55.74 
 
 
135 aa  123  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 
129 aa  123  7e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  50.41 
 
 
125 aa  122  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
124 aa  123  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 
126 aa  121  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 
128 aa  120  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  51.2 
 
 
130 aa  119  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  51.22 
 
 
140 aa  118  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  46.28 
 
 
125 aa  118  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 
130 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0542  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  47.24 
 
 
127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  46.67 
 
 
130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  44.8 
 
 
130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  50.82 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  47.58 
 
 
125 aa  115  3e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1054  putative endoribonuclease L-PSP  49.18 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0726433  normal  0.0135345 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0603  endoribonuclease L-PSP  49.18 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35425  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  50.83 
 
 
131 aa  114  6e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 
126 aa  114  6e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  46.28 
 
 
126 aa  114  6.9999999999999995e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
129 aa  113  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  51.67 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1888  endoribonuclease L-PSP  48.78 
 
 
135 aa  113  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06131  YjgF family translation initiation inhibitor  48.78 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.479171 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  52 
 
 
125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  48 
 
 
125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  47.93 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  47.11 
 
 
128 aa  111  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  48.33 
 
 
124 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  47.15 
 
 
126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>