More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0448 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  100 
 
 		 362 aa  725    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  33.85 
 
 		 366 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  33.84 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  31.41 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  34.62 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  30.29 
 
 		 374 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  31.81 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  33.42 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  32.25 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  34.69 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  29.81 
 
 		 349 aa  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  32.39 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  31.66 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  32.76 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  30.09 
 
 		 315 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  31.32 
 
 		 374 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  31.52 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  31.95 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.49 
 
 		 329 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  30.75 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  30.48 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  28.61 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  30.86 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  30.86 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  28.61 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  31.01 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  30.57 
 
 		 314 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  29.49 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  30.2 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  32.34 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  31.06 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.52 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  30.57 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  30.2 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  31.65 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  30.63 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  30.52 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  31.25 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  29.12 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  29.37 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  31.56 
 
 		 353 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  30.75 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  29.49 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.73 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  29.97 
 
 		 346 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  27.06 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  30.91 
 
 		 351 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  28.39 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.43 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  27.84 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  26.32 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  29.48 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  29.27 
 
 		 336 aa  99.8  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  29.27 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  27.36 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  29.04 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  31.65 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  27.97 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  27.13 
 
 		 340 aa  97.1  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.15 
 
 		 359 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  29.83 
 
 		 354 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.61 
 
 		 354 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  28.69 
 
 		 344 aa  95.9  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.61 
 
 		 354 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.41 
 
 		 321 aa  95.9  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  27.98 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  28.41 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.01 
 
 		 353 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  29.24 
 
 		 365 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  30.1 
 
 		 349 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.49 
 
 		 354 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  27.71 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  30.84 
 
 		 342 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  26.7 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  27.7 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  27.7 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  29.89 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  30 
 
 		 369 aa  89.7  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  29.81 
 
 		 361 aa  90.1  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  36.93 
 
 		 430 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.53 
 
 		 354 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  36.51 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  36.93 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  36.93 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  30.26 
 
 		 359 aa  88.2  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  36.51 
 
 		 430 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  27.58 
 
 		 344 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  36.51 
 
 		 430 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  28.88 
 
 		 348 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  36.51 
 
 		 430 aa  88.6  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  28.79 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  31.37 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  27.73 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  32.19 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  27.65 
 
 		 364 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  26.51 
 
 		 389 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  33.05 
 
 		 380 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  27.25 
 
 		 354 aa  87  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  32.63 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  27.46 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>