More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0420 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
176 aa  353  5.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  73.45 
 
 
176 aa  259  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000512294  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3323  50S ribosomal protein L6  73.03 
 
 
177 aa  257  5.0000000000000005e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00060748  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0282  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  256  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00574931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3154  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0206863  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2617  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00663642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3761  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3462  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  256  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000287307  decreased coverage  0.00473222 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3789  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1939  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0207492  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3731  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000218121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3493  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  255  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0291  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 
176 aa  254  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000875703  normal  0.0218003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 
176 aa  254  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0342  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 
176 aa  253  9e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157965  normal  0.0125773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2744  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 
176 aa  253  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000130297  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0363  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 
176 aa  253  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000934657  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  72.32 
 
 
176 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2824  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 
176 aa  250  6e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0379678  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3629  50S ribosomal protein L6  70.62 
 
 
176 aa  249  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000298442  hitchhiker  0.0000000000176204 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  68.36 
 
 
177 aa  246  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  67.8 
 
 
177 aa  244  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  69.32 
 
 
176 aa  244  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3428  50S ribosomal protein L6  69.49 
 
 
177 aa  242  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.195445 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 
177 aa  241  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 
177 aa  240  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 
177 aa  237  5.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0294  50S ribosomal protein L6P  66.67 
 
 
177 aa  234  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000550047  hitchhiker  0.00000213592 
 
 
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  234  7e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3934  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 
177 aa  232  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0782  ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  230  8.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000462697  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2357  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 
177 aa  229  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.700236  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  228  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1037  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  228  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000958163  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 
177 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 
177 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 
177 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 
177 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 
177 aa  224  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  223  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  223  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000010053  hitchhiker  0.00000000158568 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0335  50S ribosomal protein L6  65.06 
 
 
177 aa  222  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000198862  hitchhiker  0.000458858 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  223  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  222  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  222  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000640948  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  221  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  221  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0388  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  220  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000757352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0396  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  220  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0491976  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  220  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  220  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  220  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000922994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  61.02 
 
 
175 aa  217  7.999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  216  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0616  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  216  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
174 aa  215  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
174 aa  215  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0598  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000013887  normal  0.735029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0490  50S ribosomal protein L6  62.65 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00133523  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3899  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139368  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0298  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000138851  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  211  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  211  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3986  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0087686  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5055  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  210  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0037225  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  210  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  58.43 
 
 
178 aa  210  9e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0338  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  210  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000132809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0420  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  209  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00669543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001727  LSU ribosomal protein L6p (L9e)  60.45 
 
 
177 aa  210  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000194026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
176 aa  209  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3807  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  209  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  208  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0335  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  207  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000240759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03156  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000273178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0408  ribosomal protein L6 signature 1  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000001181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03107  hypothetical protein  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000133235  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3600  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00731053  normal  0.0167726 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3690  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170909  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0408  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000304254  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4628  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000296835  normal  0.936677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3788  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000156973  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3499  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000406274  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3621  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000291027  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3694  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  207  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0880192  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>