More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0416 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  100 
 
 
107 aa  213  7e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.10454e-05  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  70.48 
 
 
106 aa  156  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  4.79114e-08 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  73.33 
 
 
105 aa  156  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  7.94802e-08  hitchhiker  1.84934e-06 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  72.38 
 
 
105 aa  154  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  9.22916e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  68.57 
 
 
104 aa  147  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0970  50S ribosomal protein L24  66.67 
 
 
105 aa  144  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.43141e-05  hitchhiker  9.47265e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
105 aa  142  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  68.63 
 
 
104 aa  140  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.84148e-07  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0334  ribosomal protein L24  64.49 
 
 
107 aa  138  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  3.66107e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  138  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.45945e-08  hitchhiker  1.36946e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0210  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.16375e-08  unclonable  1.29617e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.93081e-07  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  138  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0637  ribosomal protein L24  66.67 
 
 
104 aa  137  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  3.74833e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4537  50S ribosomal protein L24  66.67 
 
 
104 aa  137  4e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407127  normal  0.120344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0730  ribosomal protein L24  63.21 
 
 
106 aa  137  5e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00351151  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  63.81 
 
 
106 aa  137  5e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  7.69902e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  68.63 
 
 
104 aa  136  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.6996e-10  unclonable  7.23515e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  136  8e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.51512e-07  unclonable  8.02476e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  136  8e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.15284e-07  unclonable  3.47385e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  136  8e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.35344e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  136  8e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.41259e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
104 aa  136  9e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.75822e-07  unclonable  1.17044e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  66.67 
 
 
104 aa  135  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.00309e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0432  50S ribosomal protein L24  61.9 
 
 
105 aa  136  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0323669  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
106 aa  136  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  1.10242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
106 aa  136  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  64.76 
 
 
105 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0465  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
104 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451517  hitchhiker  2.67089e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0495  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
104 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105186  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  60.58 
 
 
107 aa  135  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.72359e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4738  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
104 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0127139  normal  0.762072 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  60.58 
 
 
107 aa  135  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5068  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
104 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  1.62639e-14  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  66.67 
 
 
104 aa  135  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.26624e-08  unclonable  4.82395e-11 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4265  50S ribosomal protein L24  61.9 
 
 
105 aa  135  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  6.55615e-08  unclonable  2.67825e-12 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  66.67 
 
 
104 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  8.44667e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0498  50S ribosomal protein L24  65.71 
 
 
104 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  3.3533e-05  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  64.76 
 
 
104 aa  135  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06360  50S ribosomal protein L24  62.86 
 
 
104 aa  134  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
106 aa  134  6e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  2.49202e-07  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0159  50S ribosomal protein L24  65.69 
 
 
104 aa  134  6e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.58735e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  63.81 
 
 
106 aa  132  1e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2314  50S ribosomal protein L24  62.14 
 
 
106 aa  133  1e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356207  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  62.75 
 
 
104 aa  132  1e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.29578e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3898  50S ribosomal protein L24  63.81 
 
 
104 aa  132  2e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00126984  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  61.9 
 
 
106 aa  131  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  3.85068e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0778  ribosomal protein L24  60 
 
 
105 aa  131  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  3.31203e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5059  50S ribosomal protein L24  65.42 
 
 
110 aa  130  4e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  64.76 
 
 
104 aa  129  1e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  64.76 
 
 
104 aa  129  1e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
105 aa  128  2e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  59.41 
 
 
104 aa  126  1e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  6.47333e-06  hitchhiker  8.84976e-08 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  59.22 
 
 
106 aa  126  1e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3625  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00533524  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3503  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.02759e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0416  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000325696  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4632  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.90519e-06  normal  0.45352 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0404  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  8.39278e-08  hitchhiker  1.41467e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3604  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.61475e-06  normal  0.0245278 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3792  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.56632e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3796  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307428  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3625  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  3.01612e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0404  ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.398e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3694  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.31178e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0334  50S ribosomal protein L24  64.71 
 
 
104 aa  125  2e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  8.49803e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3698  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000743122  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03111  hypothetical protein  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  1.61136e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3733  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.012207  normal  0.015742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03160  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  125  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.06027e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3740  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
104 aa  124  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.37214e-09  hitchhiker  0.00363811 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0469  50S ribosomal protein L24  60.38 
 
 
106 aa  125  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4533  50S ribosomal protein L24  62.75 
 
 
104 aa  124  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.14986e-09  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0071  50S ribosomal protein L24  60.78 
 
 
103 aa  124  5e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.98963e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  64.71 
 
 
104 aa  124  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  5.85684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2313  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
105 aa  123  8e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.26749e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3811  50S ribosomal protein L24  62.75 
 
 
104 aa  122  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  3.90603e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0338  50S ribosomal protein L24  61.54 
 
 
106 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.530632  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0508  50S ribosomal protein L24  61.54 
 
 
106 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  3.13767e-10 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
104 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56583e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3990  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
104 aa  121  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0024494  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
104 aa  121  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.4526e-08  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
104 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.11949e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0505  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
110 aa  120  4e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0612161  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0444  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
105 aa  120  8e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0162317  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
104 aa  118  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  60.19 
 
 
104 aa  117  4e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001731  LSU ribosomal protein L24p (L26e)  65.05 
 
 
105 aa  117  5e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.37234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04510  50S ribosomal protein L24  58.25 
 
 
105 aa  117  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0040022  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00741  50S ribosomal protein L24  64.08 
 
 
105 aa  115  2e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0847  50S ribosomal protein L24  54.72 
 
 
105 aa  112  2e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2163  50S ribosomal protein L24  61.17 
 
 
105 aa  112  2e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  9.19947e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0437  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
105 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.77232e-11  hitchhiker  9.06767e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0500  50S ribosomal protein L24  53.4 
 
 
105 aa  110  8e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.46538e-07  decreased coverage  0.00101346 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0495  50S ribosomal protein L24  52.43 
 
 
105 aa  108  2e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.19023e-07  normal  0.0253858 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0380  50S ribosomal protein L24  53.7 
 
 
109 aa  108  2e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0405  50S ribosomal protein L24  53.7 
 
 
109 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2700  50S ribosomal protein L24  54.37 
 
 
106 aa  107  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0331  50S ribosomal protein L24  62.14 
 
 
105 aa  107  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.07405e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0339  ribosomal protein L24  51.46 
 
 
104 aa  107  8e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>