More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0345 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  100 
 
 
281 aa  571  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  63.35 
 
 
283 aa  371  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  63.64 
 
 
281 aa  361  9e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  61.97 
 
 
306 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  61.57 
 
 
286 aa  354  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  62.64 
 
 
309 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  62.27 
 
 
309 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  61.85 
 
 
311 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  61.85 
 
 
311 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  60.78 
 
 
309 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  60.56 
 
 
311 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  61.03 
 
 
311 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  61.48 
 
 
311 aa  345  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  61.85 
 
 
311 aa  345  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  62.22 
 
 
311 aa  345  6e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  61.11 
 
 
311 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  61.11 
 
 
311 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  61.11 
 
 
311 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  60.07 
 
 
319 aa  344  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  61.48 
 
 
307 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  60.66 
 
 
311 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.52 
 
 
313 aa  339  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  60 
 
 
311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  59.52 
 
 
313 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.23 
 
 
311 aa  338  8e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.62 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  58.21 
 
 
285 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.89 
 
 
321 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.48 
 
 
313 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  57.29 
 
 
322 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.48 
 
 
313 aa  333  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.6 
 
 
322 aa  332  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.04 
 
 
313 aa  330  2e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  59.42 
 
 
282 aa  319  3.9999999999999996e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.63 
 
 
309 aa  315  4e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.23 
 
 
307 aa  311  5.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  56.07 
 
 
341 aa  310  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  56.47 
 
 
280 aa  310  2e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  56.07 
 
 
287 aa  309  4e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  55.36 
 
 
284 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  56.99 
 
 
291 aa  307  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  55.36 
 
 
372 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  57.04 
 
 
288 aa  306  3e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  56.68 
 
 
288 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.47 
 
 
287 aa  302  5.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  54.61 
 
 
285 aa  302  5.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  54.96 
 
 
285 aa  301  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  54.06 
 
 
285 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  54.26 
 
 
285 aa  301  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  53.19 
 
 
285 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  54.61 
 
 
285 aa  299  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  53.42 
 
 
284 aa  298  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  52.88 
 
 
285 aa  298  8e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
283 aa  297  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
285 aa  298  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  50.53 
 
 
285 aa  296  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3865  RNA polymerase factor sigma-32  55.09 
 
 
285 aa  296  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.104404 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  53.19 
 
 
285 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  53.19 
 
 
285 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  53.19 
 
 
285 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  53.19 
 
 
285 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  55.93 
 
 
284 aa  295  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  57.86 
 
 
284 aa  295  5e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  52.48 
 
 
285 aa  295  5e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
285 aa  295  5e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
285 aa  295  5e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
285 aa  295  5e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  52.84 
 
 
285 aa  295  6e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  52.74 
 
 
284 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  52.74 
 
 
284 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  52.74 
 
 
284 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  52.74 
 
 
284 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  53.87 
 
 
286 aa  294  1e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.23 
 
 
289 aa  293  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  58.18 
 
 
284 aa  293  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.35 
 
 
281 aa  293  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  52.74 
 
 
284 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  56.93 
 
 
287 aa  292  3e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0224  RNA polymerase factor sigma-32  54.26 
 
 
285 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0696164 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.32 
 
 
285 aa  291  7e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0242  RNA polymerase factor sigma-32  54.61 
 
 
285 aa  291  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0580  RNA polymerase factor sigma-32  54.61 
 
 
285 aa  291  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000361022  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3976  RNA polymerase factor sigma-32  54.61 
 
 
285 aa  291  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0908412  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  57.41 
 
 
288 aa  290  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  57.41 
 
 
288 aa  289  4e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  55.27 
 
 
284 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>