173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0311 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  100 
 
 
488 aa  963    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  44.08 
 
 
487 aa  365  1e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  27.38 
 
 
486 aa  147  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 
490 aa  146  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  25.84 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  26.24 
 
 
510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  26.24 
 
 
510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  26.24 
 
 
510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  27.07 
 
 
489 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  26.24 
 
 
510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  26.24 
 
 
503 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  26.77 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  25.98 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  26.77 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  26.26 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  25.98 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  26.26 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  25.98 
 
 
492 aa  131  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  25.27 
 
 
483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  25.97 
 
 
492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  25.97 
 
 
492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 
479 aa  130  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  26.48 
 
 
484 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.413404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  24.36 
 
 
475 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  24.36 
 
 
474 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  24.72 
 
 
483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  22.96 
 
 
479 aa  116  1.0000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  26.1 
 
 
484 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  24.09 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  27.72 
 
 
503 aa  114  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  23.28 
 
 
501 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 
499 aa  111  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  27.73 
 
 
510 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  24.55 
 
 
493 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  27.83 
 
 
512 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  23.88 
 
 
501 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1408  polysaccharide biosynthesis protein  23.06 
 
 
482 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  26.55 
 
 
509 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 
502 aa  107  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  25.25 
 
 
510 aa  107  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  25.25 
 
 
510 aa  107  6e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  25.16 
 
 
494 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  22.14 
 
 
476 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  26.9 
 
 
508 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  27.41 
 
 
509 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  25.5 
 
 
497 aa  103  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  23.82 
 
 
483 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  28.44 
 
 
490 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  25.97 
 
 
497 aa  102  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  27.23 
 
 
502 aa  101  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 
487 aa  100  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  18.66 
 
 
477 aa  99.8  9e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  27.47 
 
 
507 aa  98.6  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  24.23 
 
 
487 aa  98.2  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 
503 aa  97.4  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  22.2 
 
 
483 aa  97.4  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  24.76 
 
 
492 aa  96.3  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  23.41 
 
 
502 aa  96.3  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  25.26 
 
 
507 aa  95.5  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2347  polysaccharide biosynthesis protein  25.17 
 
 
499 aa  95.5  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  22.63 
 
 
480 aa  95.5  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  27.17 
 
 
493 aa  94.7  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  25.29 
 
 
484 aa  94.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  26.22 
 
 
503 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  26.96 
 
 
504 aa  93.6  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3684  polysaccharide biosynthesis protein  26.32 
 
 
490 aa  94  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0592169  normal  0.904888 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  27.83 
 
 
504 aa  93.6  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1942  polysaccharide biosynthesis protein  26.61 
 
 
491 aa  92.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  26.59 
 
 
504 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  26.05 
 
 
520 aa  92  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  21.36 
 
 
488 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  23.19 
 
 
505 aa  89.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  21.14 
 
 
508 aa  89  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  25.14 
 
 
498 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  20.74 
 
 
492 aa  87.8  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  24.09 
 
 
504 aa  87  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2888  polysaccharide biosynthesis protein  26.06 
 
 
494 aa  87  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0315028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  27.68 
 
 
514 aa  86.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  23.1 
 
 
488 aa  86.3  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0143  polysaccharide biosynthesis protein  25.55 
 
 
477 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.712292  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  25.82 
 
 
533 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  22.65 
 
 
423 aa  85.1  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  27.55 
 
 
467 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3346  polysaccharide biosynthesis protein  24.79 
 
 
472 aa  84  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  26.22 
 
 
508 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  23.6 
 
 
497 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0032  polysaccharide biosynthesis protein  23.58 
 
 
487 aa  80.5  0.00000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.166793 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2965  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
500 aa  80.1  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 
471 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2873  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
500 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2291  polysaccharide biosynthesis protein  26.33 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0248  hypothetical protein  23.79 
 
 
487 aa  77.4  0.0000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  24.32 
 
 
492 aa  76.3  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  26.6 
 
 
504 aa  76.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  25.94 
 
 
498 aa  76.3  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  24.41 
 
 
493 aa  76.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  21.39 
 
 
483 aa  74.7  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1004  polysaccharide biosynthesis protein  27.25 
 
 
514 aa  75.1  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0175607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  22.69 
 
 
500 aa  74.7  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  24.16 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>