213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0253 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  100 
 
 		 462 aa  915    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  74.36 
 
 		 461 aa  593  1e-168  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  61.38 
 
 		 466 aa  518  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  63.88 
 
 		 478 aa  514  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  61.4 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  56.4 
 
 		 465 aa  496  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  55.31 
 
 		 463 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  55.63 
 
 		 471 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  54.43 
 
 		 465 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  55.09 
 
 		 471 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  54.05 
 
 		 472 aa  488  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  55.09 
 
 		 471 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  55.18 
 
 		 461 aa  484  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  54 
 
 		 472 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  54.87 
 
 		 463 aa  484  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  60.05 
 
 		 417 aa  481  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  59.76 
 
 		 415 aa  483  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  63.12 
 
 		 462 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  61.66 
 
 		 449 aa  481  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  54.2 
 
 		 471 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  54.2 
 
 		 471 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  53.2 
 
 		 476 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  55.5 
 
 		 478 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  62.76 
 
 		 447 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  62.3 
 
 		 444 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  58.9 
 
 		 441 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  55.4 
 
 		 466 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  56.24 
 
 		 475 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  62.12 
 
 		 429 aa  459  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  53.15 
 
 		 475 aa  443  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  51.86 
 
 		 465 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13420  AmpG-related permease  47.7 
 
 		 515 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  48.76 
 
 		 439 aa  387  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  49.26 
 
 		 478 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  45.19 
 
 		 516 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  46.89 
 
 		 468 aa  372  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  44.93 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  46.41 
 
 		 519 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1235  muropeptide MFS uptake transporter AmpG  41.83 
 
 		 550 aa  355  6.999999999999999e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.988982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  46.62 
 
 		 450 aa  349  5e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1156  major facilitator transporter  41.78 
 
 		 553 aa  339  5.9999999999999996e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0968602  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  43.43 
 
 		 443 aa  315  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  42.4 
 
 		 447 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  41.26 
 
 		 457 aa  307  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  42.39 
 
 		 504 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  42.99 
 
 		 482 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  42.99 
 
 		 482 aa  306  6e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  43.88 
 
 		 452 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  43.16 
 
 		 461 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  43.05 
 
 		 443 aa  285  1.0000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  37.69 
 
 		 459 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  37.61 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  37.23 
 
 		 457 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  37.01 
 
 		 456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  37.66 
 
 		 455 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  36.87 
 
 		 412 aa  254  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  37.18 
 
 		 452 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  35.81 
 
 		 428 aa  249  1e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1648  major facilitator transporter  36.73 
 
 		 450 aa  247  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  40.42 
 
 		 463 aa  245  9.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  37.69 
 
 		 426 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  37.03 
 
 		 429 aa  242  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  36.94 
 
 		 460 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  37.03 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  34.52 
 
 		 451 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1420  major facilitator superfamily MFS_1  35.23 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.508599 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  38.2 
 
 		 431 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1889  putative ampG protein  33.63 
 
 		 462 aa  240  5e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  34.68 
 
 		 388 aa  238  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  34.74 
 
 		 495 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  34.08 
 
 		 495 aa  237  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0944  MSF transporter  34.08 
 
 		 447 aa  236  7e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  36.19 
 
 		 492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  56.07 
 
 		 515 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  32.58 
 
 		 450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  56.07 
 
 		 515 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  35.81 
 
 		 491 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  34.4 
 
 		 492 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  55.61 
 
 		 515 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  34.4 
 
 		 492 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  34.4 
 
 		 492 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  35.59 
 
 		 491 aa  233  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  56.31 
 
 		 515 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  30.02 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  37.24 
 
 		 419 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  33.18 
 
 		 416 aa  229  8e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  53.25 
 
 		 550 aa  229  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  34.55 
 
 		 491 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3834  major facilitator transporter  30.72 
 
 		 417 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  35.45 
 
 		 491 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  35.45 
 
 		 493 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  35.45 
 
 		 491 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  35.45 
 
 		 493 aa  225  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>