More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0084 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0084  histidine kinase  100 
 
 		 653 aa  1276    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.218046 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2486  histidine kinase  27.88 
 
 		 716 aa  189  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1592  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 703 aa  176  9e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3139  histidine kinase  27.79 
 
 		 724 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1184  histidine kinase  30.97 
 
 		 730 aa  172  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0470361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1185  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.76 
 
 		 696 aa  147  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3726  histidine kinase  29.76 
 
 		 654 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2222  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.16 
 
 		 655 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.96 
 
 		 1255 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 1519 aa  114  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 		 699 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3759  sensor histidine kinase  30.83 
 
 		 356 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.211414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 492 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 801 aa  107  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  23.55 
 
 		 718 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 804 aa  106  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 581 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1897  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 		 488 aa  104  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969879 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  34.67 
 
 		 581 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1356  histidine kinase  29.46 
 
 		 591 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 		 494 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  34.35 
 
 		 573 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0049  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.74 
 
 		 365 aa  101  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  34.58 
 
 		 887 aa  101  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4160  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.74 
 
 		 516 aa  100  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.88 
 
 		 519 aa  100  8e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 567 aa  100  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0111  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 497 aa  100  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717737  normal  0.992757 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 		 581 aa  100  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  28.04 
 
 		 516 aa  100  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4217  nitrogen regulation protein NR(II)  33.33 
 
 		 349 aa  99.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.732813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0478  histidine kinase  32.56 
 
 		 555 aa  100  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4288  nitrogen regulation protein NR(II)  33.33 
 
 		 349 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4334  nitrogen regulation protein NR(II)  33.33 
 
 		 349 aa  99.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4238  nitrogen regulation protein NR(II)  33.33 
 
 		 349 aa  99.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.893304  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  32.57 
 
 		 517 aa  100  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4395  nitrogen regulation protein NR(II)  33.33 
 
 		 349 aa  99.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2392  histidine kinase  32.64 
 
 		 502 aa  98.6  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2216  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 475 aa  98.6  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.263831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3671  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.41 
 
 		 355 aa  98.6  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0258  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.09 
 
 		 348 aa  98.2  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3763  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.09 
 
 		 348 aa  98.2  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4097  nitrogen regulation protein NR(II)  32.89 
 
 		 349 aa  98.6  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.744488 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4882  nitrogen regulation protein NR(II)  32.46 
 
 		 349 aa  97.8  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.191848  hitchhiker  0.00011549 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2492  sensory box histidine kinase  35.51 
 
 		 830 aa  97.8  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2037  cyclic nucleotide-binding protein  28.48 
 
 		 472 aa  97.8  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00604433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 607 aa  97.4  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2304  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.95 
 
 		 679 aa  97.4  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0259  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.09 
 
 		 348 aa  97.4  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.627159  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 548 aa  97.1  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0530  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.38 
 
 		 579 aa  97.1  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.82222  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3426  nitrogen regulation protein  30.84 
 
 		 348 aa  97.1  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.204004 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 1527 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1168  sensor histidine kinase  32.16 
 
 		 685 aa  96.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.527437 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.04 
 
 		 365 aa  96.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1952  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.33 
 
 		 752 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.664907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 		 970 aa  96.3  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 803 aa  96.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 		 1527 aa  97.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  31.43 
 
 		 655 aa  95.9  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  31.67 
 
 		 363 aa  96.3  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4345  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  95.9  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1972  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.44 
 
 		 747 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466348  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.44 
 
 		 747 aa  95.9  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0320  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 		 576 aa  95.9  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0905  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.77 
 
 		 360 aa  95.5  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0340364  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.44 
 
 		 578 aa  95.9  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03754  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with GlnG  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4117  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4096  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1444  nitrogen regulation protein ntrB  32.17 
 
 		 391 aa  95.5  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.907164 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4147  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0189  histidine kinase  29.1 
 
 		 598 aa  95.5  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.602586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2577  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.48 
 
 		 390 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00911748  normal  0.381184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03703  hypothetical protein  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4391  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.132536  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1700  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 591 aa  95.1  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5315  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.962522  normal  0.565649 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1745  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.66 
 
 		 424 aa  94.7  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  34.8 
 
 		 548 aa  94.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0114  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 		 498 aa  94.7  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0888  histidine kinase  32.88 
 
 		 647 aa  94.7  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.62 
 
 		 1527 aa  94.7  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0486  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.19 
 
 		 369 aa  94.7  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4254  nitrogen regulation protein NR(II)  33.78 
 
 		 349 aa  94.4  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.388785 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 661 aa  94.4  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0259  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.33 
 
 		 348 aa  94  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0398  nitrogen regulation protein NR(II)  29.26 
 
 		 371 aa  94  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.737334  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0262  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.33 
 
 		 348 aa  94.4  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.507954 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 736 aa  94.4  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3957  sensor histidine kinase KinD  30.56 
 
 		 498 aa  94  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.5608 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4158  nitrogen regulation protein NR(II)  32.16 
 
 		 349 aa  94.4  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.128409  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0267  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.33 
 
 		 348 aa  94  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0267  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.33 
 
 		 348 aa  94  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 		 373 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0577  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 		 516 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1844  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 		 714 aa  93.6  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.257508  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0622  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 753 aa  93.2  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3961  nitrogen regulation protein NR(II)  32.6 
 
 		 349 aa  93.2  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3261  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31 
 
 		 355 aa  93.2  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>