More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0064 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0064  putative cytochrome C precursor  100 
 
 		 222 aa  451  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215607  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0594  cytochrome c class I  50.61 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  43.81 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2656  cytochrome c, class I  36.79 
 
 		 213 aa  128  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.964453  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2894  cytochrome c, class I  38.76 
 
 		 226 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  34.83 
 
 		 205 aa  99  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  34.95 
 
 		 212 aa  98.2  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  33.14 
 
 		 318 aa  97.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  34.21 
 
 		 249 aa  95.1  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0913  cytochrome c, class I  34.32 
 
 		 212 aa  94  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  39.39 
 
 		 188 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  30.34 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  34.43 
 
 		 217 aa  92.4  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  36.31 
 
 		 208 aa  92.4  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  36.88 
 
 		 200 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 205 aa  90.9  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  35.54 
 
 		 206 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  32.77 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  32.6 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  32.6 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  32.6 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  31.84 
 
 		 207 aa  88.6  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  33.88 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  33.88 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  33.88 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  30.73 
 
 		 207 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  32.02 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  33.88 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0572  cytochrome c, class I  33.71 
 
 		 227 aa  86.3  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  33.88 
 
 		 217 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32.04 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  32.37 
 
 		 199 aa  85.9  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 217 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  32.6 
 
 		 207 aa  85.9  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  32.94 
 
 		 209 aa  85.5  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  31.79 
 
 		 210 aa  85.1  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  30.72 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2741  cytochrome c, class I  37.65 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0698392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  32.02 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  34.24 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  30.65 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  33.72 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  33.51 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  29.94 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  31.07 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0197  putative cytochrome C signal peptide protein  34.66 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.283033 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  29.94 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  30.94 
 
 		 205 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  32.95 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  31.79 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  30.39 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  32.42 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  32.95 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  32.95 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  31.69 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  33.52 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  31.87 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  32.56 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1146  cytochrome c family protein  30.77 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  33.53 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  32.77 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1429  cytochrome c552, putative  30.77 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  29.65 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  32.56 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  33.53 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  33.9 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  31.89 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  28.73 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  33.9 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  32.54 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  31.87 
 
 		 545 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  33.53 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  30.05 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  29.33 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  33.91 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  35.63 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  32.02 
 
 		 255 aa  78.2  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  34.36 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  31.46 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1310  diheme-containing protein c4  31.91 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  29.83 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  32.96 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>