More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0061 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 434 aa  871    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  55.85 
 
 		 417 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  50.4 
 
 		 454 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  47.59 
 
 		 410 aa  342  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  49.6 
 
 		 400 aa  338  9e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  50.14 
 
 		 470 aa  338  9e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  45.03 
 
 		 409 aa  332  1e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  44.5 
 
 		 377 aa  330  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  49.58 
 
 		 474 aa  328  8e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  45.33 
 
 		 395 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  49.58 
 
 		 466 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  44.11 
 
 		 430 aa  327  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  49.45 
 
 		 457 aa  327  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  44.09 
 
 		 424 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  43.38 
 
 		 401 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  48.12 
 
 		 409 aa  325  7e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  43.82 
 
 		 424 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  43.78 
 
 		 439 aa  324  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  41.65 
 
 		 427 aa  321  1.9999999999999998e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  44.1 
 
 		 438 aa  320  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  43.35 
 
 		 395 aa  320  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  47.04 
 
 		 438 aa  320  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  44.1 
 
 		 411 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  44.72 
 
 		 438 aa  318  9e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  44.22 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  41.25 
 
 		 421 aa  317  4e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  41.56 
 
 		 396 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  46.59 
 
 		 430 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  42.93 
 
 		 395 aa  313  4.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  47.95 
 
 		 434 aa  312  9e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  41.56 
 
 		 433 aa  310  5e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  38.97 
 
 		 437 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  46.17 
 
 		 432 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  42.42 
 
 		 415 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  40.66 
 
 		 428 aa  295  8e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  42.66 
 
 		 438 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  42.93 
 
 		 438 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  42.66 
 
 		 438 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  42.13 
 
 		 427 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  42.82 
 
 		 415 aa  289  9e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  42.2 
 
 		 421 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  40.15 
 
 		 438 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  41.58 
 
 		 448 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  41.8 
 
 		 425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  41.19 
 
 		 455 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  42.7 
 
 		 398 aa  282  9e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 424 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  42.55 
 
 		 406 aa  281  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  42.16 
 
 		 398 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  41.35 
 
 		 448 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  39.59 
 
 		 394 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  41.11 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 419 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  42.67 
 
 		 400 aa  272  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  40.43 
 
 		 417 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  40.5 
 
 		 445 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  40.27 
 
 		 413 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  41.1 
 
 		 438 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  39.4 
 
 		 440 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  38.34 
 
 		 445 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  42.42 
 
 		 462 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  42.42 
 
 		 413 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 		 422 aa  268  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  41.35 
 
 		 411 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  41.16 
 
 		 429 aa  267  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  42.36 
 
 		 393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  41.22 
 
 		 418 aa  266  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  42.36 
 
 		 393 aa  265  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  39.22 
 
 		 390 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  38.17 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  44.26 
 
 		 400 aa  261  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  41.13 
 
 		 390 aa  260  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  38.24 
 
 		 458 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  39.3 
 
 		 412 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  41.42 
 
 		 429 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  39.85 
 
 		 419 aa  258  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  39.13 
 
 		 412 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  39.34 
 
 		 435 aa  256  7e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1149  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.2 
 
 		 333 aa  256  7e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1019  putative lytic murein transglycosylase  40.2 
 
 		 333 aa  256  7e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  37.94 
 
 		 442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  36.53 
 
 		 443 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  39.94 
 
 		 320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 418 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  39.07 
 
 		 413 aa  252  7e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  40.05 
 
 		 720 aa  252  7e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  39.62 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  37.28 
 
 		 462 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  41.94 
 
 		 392 aa  250  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  39.27 
 
 		 413 aa  249  7e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  37.81 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  39.13 
 
 		 398 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  37.77 
 
 		 372 aa  248  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  39.18 
 
 		 404 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  37.3 
 
 		 451 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  38.71 
 
 		 398 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.89 
 
 		 464 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  35.16 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  37.74 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>