141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0052 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  100 
 
 
179 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  53.22 
 
 
175 aa  195  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  51.46 
 
 
184 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  46.82 
 
 
177 aa  176  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  48.84 
 
 
183 aa  170  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  44.44 
 
 
184 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  47.4 
 
 
159 aa  155  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  46.45 
 
 
186 aa  153  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  46.45 
 
 
191 aa  149  1e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  46.45 
 
 
208 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  39.31 
 
 
175 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  38.6 
 
 
185 aa  129  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  38.15 
 
 
186 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  38.15 
 
 
186 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  37.43 
 
 
185 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.15 
 
 
186 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.15 
 
 
186 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  36.84 
 
 
185 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  38.15 
 
 
187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.84 
 
 
186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.15 
 
 
187 aa  118  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  36.48 
 
 
165 aa  112  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.8 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.8 
 
 
204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.8 
 
 
204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
212 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
212 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
190 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 
212 aa  107  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.54 
 
 
228 aa  106  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
190 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
190 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
190 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  34.3 
 
 
189 aa  101  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
190 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.88 
 
 
190 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.58 
 
 
178 aa  101  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.14 
 
 
184 aa  100  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  35.4 
 
 
204 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  33.72 
 
 
186 aa  99  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.02 
 
 
179 aa  97.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  32.35 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.35 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.35 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.35 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.12 
 
 
176 aa  95.1  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  31.76 
 
 
183 aa  95.1  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.79 
 
 
183 aa  95.1  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.14 
 
 
183 aa  94.4  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  29.52 
 
 
175 aa  93.2  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  31.18 
 
 
183 aa  92.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.18 
 
 
183 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0639  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.81 
 
 
207 aa  92.4  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  31.18 
 
 
183 aa  92  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  31.18 
 
 
183 aa  91.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  27.68 
 
 
180 aa  89.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.34 
 
 
179 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.55 
 
 
180 aa  87  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.16 
 
 
178 aa  85.5  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  30.12 
 
 
175 aa  85.9  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  28.22 
 
 
180 aa  84.3  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  30.34 
 
 
178 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.59 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  28.73 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  30.06 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.45 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.85 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  28.07 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  32.35 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  28.83 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.62 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.09 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  28.07 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  29.09 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  29.07 
 
 
177 aa  68.6  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.93 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.39 
 
 
172 aa  67.4  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.15 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.73 
 
 
181 aa  65.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.12 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  30.32 
 
 
181 aa  65.5  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.33 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  28.92 
 
 
166 aa  63.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.78 
 
 
172 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  30.18 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.17 
 
 
166 aa  61.2  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.71 
 
 
168 aa  60.8  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  27.88 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  26.59 
 
 
173 aa  60.5  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  26.9 
 
 
385 aa  58.9  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.99 
 
 
166 aa  58.9  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  27.71 
 
 
168 aa  58.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  29.59 
 
 
166 aa  58.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  31.03 
 
 
181 aa  57.8  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  29.59 
 
 
166 aa  57.8  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>