More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0044 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0044  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  100 
 
 
410 aa  824    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0125  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  61.59 
 
 
415 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0581331  normal  0.40576 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0188  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  62.23 
 
 
410 aa  497  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0175  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.21 
 
 
449 aa  488  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2039  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  62.38 
 
 
402 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0481  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.1 
 
 
422 aa  485  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2929  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.86 
 
 
423 aa  484  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0168  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  61.2 
 
 
412 aa  485  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520354  normal  0.880199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0186  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  61.2 
 
 
412 aa  483  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2793  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  60.05 
 
 
417 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0224  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  61.88 
 
 
410 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2904  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.77 
 
 
418 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2498  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.85 
 
 
414 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1639  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  60.49 
 
 
413 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.602692  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2668  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.62 
 
 
415 aa  475  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.58229  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1172  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.71 
 
 
418 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.416394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0244  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  61.1 
 
 
419 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3345  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.72 
 
 
408 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1289  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.72 
 
 
408 aa  471  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3332  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.72 
 
 
408 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3258  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.12 
 
 
424 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.878957 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2412  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.48 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1190  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.48 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3298  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.48 
 
 
408 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0841  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.17 
 
 
405 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.936764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3311  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  60.72 
 
 
412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.530471  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3980  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.99 
 
 
408 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2599  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.48 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2516  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0531711  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0329  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.48 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3313  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.61 
 
 
411 aa  464  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0306  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.43 
 
 
416 aa  467  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0718  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.5 
 
 
408 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3640  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.51 
 
 
413 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0773057  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0622  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.27 
 
 
408 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0494165  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2304  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.07 
 
 
405 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0648  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.27 
 
 
408 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3818  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.77 
 
 
408 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220496  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0700  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.02 
 
 
408 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66224  normal  0.217248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2654  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.77 
 
 
408 aa  455  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0248  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.02 
 
 
408 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0932552  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5641  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.01 
 
 
423 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.636346 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0732  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.02 
 
 
408 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2200  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.58 
 
 
411 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277292  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1783  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.63 
 
 
426 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43310  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.8 
 
 
405 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6394  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.1 
 
 
409 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2221  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.17 
 
 
413 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0961  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.63 
 
 
411 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119051  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2157  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.09 
 
 
411 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3333  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.97 
 
 
410 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0308305  hitchhiker  0.000758619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0201  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.7 
 
 
405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.347897 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4940  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.09 
 
 
406 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0533756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3747  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.33 
 
 
411 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.673936  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5493  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
406 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.590714  hitchhiker  0.000600534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2217  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.84 
 
 
410 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566124  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0223  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.78 
 
 
401 aa  442  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2016  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.84 
 
 
411 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3437  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.66 
 
 
407 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3255  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.66 
 
 
407 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2689  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.73 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02846  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.66 
 
 
407 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.488957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0719  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  54.66 
 
 
407 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3150  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.66 
 
 
407 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0723  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.66 
 
 
407 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02796  hypothetical protein  54.66 
 
 
407 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3302  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.45 
 
 
402 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600114  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1499  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.79 
 
 
402 aa  431  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0363291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0031  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
406 aa  431  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1887  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  53.83 
 
 
403 aa  431  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0156765 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1652  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  52.84 
 
 
402 aa  428  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0911371 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1896  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.68 
 
 
404 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.138211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70670  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.11 
 
 
408 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1500  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  52.47 
 
 
409 aa  392  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.899863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6130  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.13 
 
 
408 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1360  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  51.34 
 
 
416 aa  386  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1894  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  50.94 
 
 
421 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1663  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  51.34 
 
 
416 aa  383  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.44007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  48.95 
 
 
432 aa  365  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1868  hypothetical protein  47.9 
 
 
439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18373  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  44.73 
 
 
435 aa  349  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  46.65 
 
 
447 aa  348  9e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0452  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  46.71 
 
 
436 aa  345  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  47.38 
 
 
438 aa  343  2e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  47.17 
 
 
443 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.92 
 
 
447 aa  344  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  44.94 
 
 
433 aa  342  5e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.07 
 
 
465 aa  343  5e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  45.98 
 
 
430 aa  342  9e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4650  hypothetical protein  46.54 
 
 
446 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.131127 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0497  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  46.14 
 
 
436 aa  339  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.352819 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4734  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  47.6 
 
 
437 aa  338  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.960339  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  46.23 
 
 
437 aa  338  9e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  47.47 
 
 
431 aa  335  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  46.04 
 
 
437 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.62 
 
 
465 aa  333  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  43.62 
 
 
465 aa  333  3e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4135  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  45.43 
 
 
437 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2500  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  45.15 
 
 
439 aa  332  5e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1664  glycolate oxidase subunit, (Fe-S)protein, GlcF  47.27 
 
 
441 aa  331  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.118574  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>