More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0040 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0040  hypothetical protein  100 
 
 
513 aa  1041    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.257159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0539  peptidase M48, Ste24p  44.07 
 
 
478 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1307  hypothetical protein  45.05 
 
 
490 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.31128  normal  0.470451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5784  putative lipoprotein  44.1 
 
 
479 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66690  putative protease  44.47 
 
 
479 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1692  peptidase M48 Ste24p  33.78 
 
 
504 aa  256  6e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.147911 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4160  peptidase M48 Ste24p  36.74 
 
 
489 aa  240  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0504491  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4877  peptidase M48 Ste24p  37.92 
 
 
492 aa  229  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1755  peptidase M48 Ste24p  33.91 
 
 
493 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.593402 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1042  peptidase M48 Ste24p  36.19 
 
 
489 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1046  peptidase M48 Ste24p  36.25 
 
 
489 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.615139  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0985  peptidase M48, Ste24p  34.92 
 
 
489 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.932429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3262  peptidase M48, Ste24p  31.08 
 
 
480 aa  197  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.742551  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1699  putative peptidase  29.87 
 
 
475 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00848357  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1904  peptidase M48, Ste24p  31.31 
 
 
493 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.429469  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1761  peptidase, putative  29.66 
 
 
493 aa  190  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0448124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1795  peptidase M48, Ste24p  31.03 
 
 
513 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3812  peptidase M48 Ste24p  29.26 
 
 
513 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.685027  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0452  peptidase M48, Ste24p  31.53 
 
 
496 aa  181  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.498871 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1139  peptidase M48 Ste24p  28.39 
 
 
476 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4141  peptidase M48 Ste24p  30 
 
 
482 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703431  normal  0.108462 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0508  peptidase M48, Ste24p  31.08 
 
 
497 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0673613  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2749  peptidase M48 Ste24p  35.65 
 
 
494 aa  169  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.114888  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0123  putative exported peptidase  30.34 
 
 
479 aa  168  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0552  peptidase M48, Ste24p  29.61 
 
 
497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125277  normal  0.0387817 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0127  M48 family peptidase  27.15 
 
 
471 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0550  peptidase M48, Ste24p  30.38 
 
 
503 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5912  peptidase M48 Ste24p  30.3 
 
 
493 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0135228  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3110  peptidase M48 Ste24p  28.76 
 
 
503 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0617  peptidase M48, Ste24p  30.8 
 
 
479 aa  163  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368474  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1362  peptidase M48 Ste24p  27.07 
 
 
516 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0606393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0488  peptidase M48 Ste24p  29.26 
 
 
505 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7542  hypothetical protein  30.25 
 
 
488 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0277  peptidase M48, Ste24p  29.6 
 
 
497 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5285  peptidase M48 Ste24p  31.42 
 
 
524 aa  159  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2231  peptidase M48 Ste24p  28.57 
 
 
520 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0336086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4269  hypothetical protein  26.79 
 
 
513 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4490  peptidase M48 Ste24p  31.19 
 
 
494 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3171  peptidase M48 Ste24p  34.11 
 
 
445 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0867  peptidase M48, Ste24p  37.41 
 
 
427 aa  154  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3503  peptidase M48 Ste24p  28.8 
 
 
478 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.239909 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0821  peptidase M48, Ste24p  38.4 
 
 
432 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3626  peptidase M48 Ste24p  28.57 
 
 
500 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.679206  normal  0.283809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3303  peptidase M48 Ste24p  28.57 
 
 
487 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.433705 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1212  Zn-dependent protease, putative  37.6 
 
 
436 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776404  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2967  peptidase M48, Ste24p  32.85 
 
 
453 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.913599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3160  peptidase M48 Ste24p  28.28 
 
 
514 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.404677 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2222  peptidase M48 Ste24p  35.74 
 
 
445 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0246  peptidase M48, Ste24p  33.1 
 
 
442 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1779  peptidase M48 Ste24p  35.1 
 
 
443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00812626  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2972  peptidase M48 Ste24p  35.46 
 
 
447 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.297503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0107  putative lipoprotein  32.7 
 
 
262 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3748  regulatory protein, ArsR  34.8 
 
 
423 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1050  peptidase M48, Ste24p  36.36 
 
 
424 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2092  peptidase M48 Ste24p  35.66 
 
 
280 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1850  peptidase M48, Ste24p  33.97 
 
 
278 aa  130  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1437  M48 family peptidase  34.52 
 
 
264 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.142211  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3390  peptidase M48 Ste24p  32.02 
 
 
268 aa  127  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000240796  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1238  peptidase M48, Ste24p  32.93 
 
 
278 aa  127  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0665176  normal  0.164191 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0402  peptidase M48, Ste24p  37.5 
 
 
529 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0856  peptidase M48 Ste24p  32 
 
 
268 aa  126  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0012  peptidase M48, Ste24p  33.06 
 
 
284 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0581  peptidase M48 Ste24p  32.68 
 
 
424 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0013814  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2483  peptidase M48, Ste24p  34.44 
 
 
500 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3623  TPR repeat-containing Zn-dependent protease  34.26 
 
 
294 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.619094  normal  0.846236 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1134  peptidase M48 Ste24p  33.95 
 
 
487 aa  120  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3182  peptidase M48 Ste24p  34.06 
 
 
487 aa  120  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.258553  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1260  hypothetical protein  39.04 
 
 
275 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.617614  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2068  peptidase M48 Ste24p  33.57 
 
 
320 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0120  peptidase M48 Ste24p  33.04 
 
 
279 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0733637 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0123  peptidase M48 Ste24p  33.04 
 
 
279 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2619  peptidase M48, Ste24p  31.38 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2450  peptidase M48, Ste24p  36.44 
 
 
264 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.195879  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4358  peptidase M48 Ste24p  33.18 
 
 
282 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1069  peptidase M48 Ste24p  33.78 
 
 
488 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0982  TPR repeat-containing Zn-dependent protease  38.2 
 
 
312 aa  117  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.165427  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2567  peptidase M48, Ste24p  31.84 
 
 
392 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1887  peptidase M48, Ste24p  38.42 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1356  peptidase M48 Ste24p  33.68 
 
 
524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.107911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1239  M48 family peptidase  33.68 
 
 
494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000273921  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3127  M48 family peptidase  33.68 
 
 
494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000135694  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0670  peptidase M48, Ste24p  31.47 
 
 
288 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00234542  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3581  peptidase M48 Ste24p  30.59 
 
 
266 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000704965  normal  0.319279 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2641  M48 family peptidase  31.58 
 
 
487 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.938933  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3305  peptidase M48, Ste24p  31.78 
 
 
278 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.137005  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2301  peptidase M48 Ste24p  31.51 
 
 
270 aa  114  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.114592  normal  0.277953 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1212  peptidase M48  36.26 
 
 
285 aa  114  4.0000000000000004e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2828  peptidase M48 Ste24p  32.31 
 
 
284 aa  114  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0464  peptidase M48 Ste24p  35.68 
 
 
292 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.115654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02386  predicted peptidase  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1175  peptidase M48 Ste24p  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.108568  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1182  peptidase M48 Ste24p  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0564416 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1330  hypothetical protein  30.45 
 
 
473 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.643696  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2776  M48 family peptidase  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00342563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02348  hypothetical protein  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14863  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2628  M48 family peptidase  31.58 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2987  peptidase M48 Ste24p  31.97 
 
 
487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595956  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2169  peptidase M48 Ste24p  31.37 
 
 
486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.139537  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0844  peptidase M48 Ste24p  33.73 
 
 
470 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000290245  normal  0.0785618 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1695  peptidase M48, Ste24p  36.32 
 
 
485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>