More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0015 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 309 aa  600  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  55.7 
 
 		 312 aa  337  9.999999999999999e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  57.14 
 
 		 307 aa  328  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  55.63 
 
 		 324 aa  328  9e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  57 
 
 		 311 aa  321  9.000000000000001e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  54.98 
 
 		 314 aa  321  9.000000000000001e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  53.35 
 
 		 321 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  54.02 
 
 		 315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  58.71 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  52.56 
 
 		 318 aa  319  5e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  54.81 
 
 		 314 aa  318  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  54.02 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  53.7 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 		 318 aa  317  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 		 315 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  54.02 
 
 		 315 aa  317  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  55.15 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 		 315 aa  316  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  55.48 
 
 		 308 aa  316  4e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  52.16 
 
 		 321 aa  315  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  53.38 
 
 		 315 aa  315  7e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  52.08 
 
 		 329 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  59.12 
 
 		 327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  52.41 
 
 		 318 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  55.48 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  52.41 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  55.45 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  54.82 
 
 		 315 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  54.82 
 
 		 315 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 		 318 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  54.82 
 
 		 315 aa  312  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  55.99 
 
 		 312 aa  311  5.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  50.78 
 
 		 332 aa  311  6.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  53.31 
 
 		 319 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  54.49 
 
 		 310 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  54.17 
 
 		 310 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  51.51 
 
 		 312 aa  311  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  51.77 
 
 		 318 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  53.82 
 
 		 315 aa  311  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  58.14 
 
 		 314 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  54.17 
 
 		 310 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 		 308 aa  309  4e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  58.06 
 
 		 320 aa  309  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  54.15 
 
 		 315 aa  309  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  54.82 
 
 		 310 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 315 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  52.09 
 
 		 318 aa  308  9e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  55.13 
 
 		 314 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  51.44 
 
 		 320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  57.05 
 
 		 327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  53.67 
 
 		 319 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  57.37 
 
 		 327 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  54.86 
 
 		 327 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  55.3 
 
 		 322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  57.81 
 
 		 330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  53.82 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  51.61 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 327 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  57.5 
 
 		 330 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  57.5 
 
 		 330 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  58.26 
 
 		 323 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 337 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 327 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 337 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  58.44 
 
 		 337 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0129  methionyl-tRNA formyltransferase  57.55 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  58.13 
 
 		 327 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  52.06 
 
 		 320 aa  301  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  57.94 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  51.5 
 
 		 318 aa  300  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  300  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  57.38 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 312 aa  297  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  56.07 
 
 		 331 aa  295  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  53.92 
 
 		 327 aa  295  9e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  49.33 
 
 		 314 aa  295  1e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  56.74 
 
 		 328 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  56.74 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  49.33 
 
 		 314 aa  295  1e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  55.97 
 
 		 328 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  55.48 
 
 		 325 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  56.29 
 
 		 327 aa  292  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  54.69 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5111  methionyl-tRNA formyltransferase  57.28 
 
 		 318 aa  289  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.030161  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  55.28 
 
 		 344 aa  289  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  53.61 
 
 		 323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>