More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_1337 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1337  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 		 543 aa  1051    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1349  RNA-binding S1 domain-containing protein  93.74 
 
 		 543 aa  998    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.143474  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.45 
 
 		 810 aa  402  1e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.98 
 
 		 854 aa  361  2e-98  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1618  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.51 
 
 		 532 aa  334  2e-90  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  34.23 
 
 		 609 aa  282  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2080  cytidylate kinase/ribosomal protein S1  32.74 
 
 		 811 aa  273  4.0000000000000004e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 611 aa  273  8.000000000000001e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  32.97 
 
 		 579 aa  269  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  32.48 
 
 		 577 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 		 577 aa  263  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 		 599 aa  261  2e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  32.23 
 
 		 593 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.45 
 
 		 720 aa  261  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  31.2 
 
 		 596 aa  260  5.0000000000000005e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  33.27 
 
 		 588 aa  259  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  32.14 
 
 		 644 aa  258  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  32.08 
 
 		 604 aa  256  9e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  35.88 
 
 		 598 aa  254  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  32.45 
 
 		 619 aa  254  3e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  31.8 
 
 		 574 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  32.72 
 
 		 591 aa  253  9.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  33.4 
 
 		 570 aa  252  1e-65  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  32.52 
 
 		 575 aa  252  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0694  RNA binding S1 domain protein  34.19 
 
 		 554 aa  251  3e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  31.39 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  36.45 
 
 		 558 aa  250  5e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  31.6 
 
 		 592 aa  248  2e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  31.78 
 
 		 592 aa  248  3e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  32.55 
 
 		 584 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  31.18 
 
 		 573 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 597 aa  245  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  32.46 
 
 		 586 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  31.7 
 
 		 589 aa  243  6e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  32.59 
 
 		 574 aa  243  9e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  31.87 
 
 		 557 aa  242  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  33.68 
 
 		 586 aa  241  2.9999999999999997e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  32.86 
 
 		 586 aa  240  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  30.9 
 
 		 606 aa  239  5.999999999999999e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  31.34 
 
 		 591 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  33.62 
 
 		 591 aa  239  9e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  32.13 
 
 		 584 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  31.95 
 
 		 584 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  32.03 
 
 		 573 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  31.3 
 
 		 630 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  33.85 
 
 		 539 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  32.08 
 
 		 557 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  31.97 
 
 		 573 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  32.95 
 
 		 587 aa  228  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  227  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0402  30S ribosomal protein S1  30.83 
 
 		 567 aa  227  4e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  31.87 
 
 		 555 aa  227  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 		 555 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1190  30S ribosomal protein S1  30.54 
 
 		 517 aa  226  6e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  226  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  31.35 
 
 		 555 aa  226  1e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0617  30S ribosomal protein S1  31.41 
 
 		 567 aa  225  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  31.35 
 
 		 551 aa  226  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  31.46 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  30.69 
 
 		 578 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  31.67 
 
 		 555 aa  225  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  34.08 
 
 		 566 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  32.05 
 
 		 555 aa  224  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  30.74 
 
 		 564 aa  224  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  31.48 
 
 		 555 aa  224  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  31.28 
 
 		 557 aa  224  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  30.53 
 
 		 564 aa  223  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1379  RNA binding S1 domain protein  30.71 
 
 		 552 aa  222  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566824  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 547 aa  222  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  29.82 
 
 		 556 aa  222  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  31.63 
 
 		 556 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  31.43 
 
 		 562 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 568 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  30.94 
 
 		 504 aa  221  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 568 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 568 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  32.11 
 
 		 573 aa  220  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  33.26 
 
 		 504 aa  219  7e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  27.27 
 
 		 557 aa  219  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  32.05 
 
 		 556 aa  219  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  28.36 
 
 		 595 aa  219  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  29.29 
 
 		 559 aa  218  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  29.6 
 
 		 561 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  31.01 
 
 		 608 aa  218  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  29.53 
 
 		 560 aa  218  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  29.58 
 
 		 555 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  31.01 
 
 		 562 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  30.77 
 
 		 576 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  30.77 
 
 		 576 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0127  30S ribosomal protein S1  30.43 
 
 		 551 aa  217  4e-55  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  31.84 
 
 		 556 aa  217  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  30.77 
 
 		 589 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  30.56 
 
 		 576 aa  217  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  28.13 
 
 		 570 aa  217  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>