More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0352 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  100 
 
 
235 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  100 
 
 
235 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  60 
 
 
223 aa  247  1e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  54.26 
 
 
224 aa  220  1.9999999999999999e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  49.55 
 
 
226 aa  205  6e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  39.34 
 
 
541 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  38.54 
 
 
365 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  39.36 
 
 
523 aa  118  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  41.18 
 
 
386 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  34.88 
 
 
519 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  36.63 
 
 
547 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  40.78 
 
 
327 aa  113  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  36.05 
 
 
541 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  37.82 
 
 
286 aa  108  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  37.63 
 
 
486 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  33.18 
 
 
225 aa  105  6e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  43.7 
 
 
342 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  43.7 
 
 
342 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  35.62 
 
 
487 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  35.62 
 
 
487 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  34.42 
 
 
389 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  34.09 
 
 
356 aa  102  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  39.34 
 
 
358 aa  98.2  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  37.02 
 
 
371 aa  96.3  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  39.24 
 
 
283 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  38.01 
 
 
234 aa  95.9  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.91 
 
 
554 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  38.79 
 
 
261 aa  94  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  36.97 
 
 
271 aa  92.8  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  34.41 
 
 
236 aa  92.8  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  36.88 
 
 
227 aa  92.4  5e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  37.34 
 
 
303 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  33.94 
 
 
348 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  36.49 
 
 
267 aa  88.6  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.5 
 
 
303 aa  88.2  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  36.68 
 
 
248 aa  88.2  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  32.97 
 
 
219 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  35.54 
 
 
489 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  35.48 
 
 
332 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  35.95 
 
 
268 aa  86.7  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.54 
 
 
287 aa  86.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  34.59 
 
 
511 aa  86.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  33.83 
 
 
376 aa  85.5  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  35.68 
 
 
528 aa  85.1  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  34.13 
 
 
525 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  36.84 
 
 
224 aa  83.6  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  36.81 
 
 
569 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  33.53 
 
 
520 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  33.75 
 
 
253 aa  82.8  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  33.53 
 
 
520 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.57 
 
 
281 aa  82  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  35.39 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  36.3 
 
 
513 aa  79.7  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  29.7 
 
 
279 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  34 
 
 
570 aa  77  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  37.42 
 
 
579 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  32.28 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  32.28 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  32.28 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  32.28 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  33.57 
 
 
356 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  29.67 
 
 
289 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  30.64 
 
 
290 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  34.81 
 
 
306 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  32.28 
 
 
190 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  30.13 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  37.82 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  30.92 
 
 
190 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  35.53 
 
 
286 aa  72.4  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  32.47 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.18 
 
 
289 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.18 
 
 
289 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  38.14 
 
 
190 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  29.44 
 
 
284 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  35.62 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  37.76 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  29.7 
 
 
625 aa  70.5  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  36.13 
 
 
273 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  36.49 
 
 
275 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0404  rhomboid family protein  32.12 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.613435  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  29.95 
 
 
625 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  32.94 
 
 
232 aa  68.9  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  35 
 
 
241 aa  68.9  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  34.16 
 
 
283 aa  68.6  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  30.2 
 
 
625 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  30.2 
 
 
625 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.2 
 
 
625 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  33.16 
 
 
284 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  37.96 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  34.9 
 
 
220 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  35 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  32.45 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  35.81 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  30.13 
 
 
292 aa  66.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  34.64 
 
 
556 aa  66.2  0.0000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  32.76 
 
 
303 aa  65.9  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  30.73 
 
 
362 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  37.5 
 
 
286 aa  65.5  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  35.48 
 
 
515 aa  65.1  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  33.96 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>