264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0072 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0072  ribosome-binding factor A  100 
 
 
131 aa  262  1e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0072  ribosome-binding factor A  99.16 
 
 
131 aa  239  9e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.884445  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0402  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 
125 aa  135  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1498  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 
125 aa  120  9e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1691  ribosome-binding factor A  51.89 
 
 
117 aa  119  2e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 
121 aa  91.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 
119 aa  85.1  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  37.9 
 
 
121 aa  80.5  7e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 
127 aa  80.5  8e-15  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 
119 aa  80.1  1e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  36.64 
 
 
131 aa  77.8  4e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  43.93 
 
 
130 aa  77.4  6e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 
125 aa  77  8e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 
127 aa  75.9  2e-13  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  37.25 
 
 
122 aa  73.9  6e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 
130 aa  73.9  7e-13  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  1.34979e-05 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 
119 aa  73.6  8e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 
134 aa  73.2  1e-12  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  33.02 
 
 
122 aa  72.4  2e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 
142 aa  72.8  2e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
128 aa  72.8  2e-12  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  39.78 
 
 
118 aa  72.8  2e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 
137 aa  71.2  4e-12  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.22 
 
 
118 aa  70.5  6e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.25 
 
 
123 aa  70.9  6e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 
122 aa  70.5  8e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 
127 aa  70.5  8e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 
133 aa  69.7  1e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  40.66 
 
 
126 aa  69.3  2e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
133 aa  69.3  2e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  32.08 
 
 
140 aa  67.8  4e-11  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  68.2  4e-11  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.31797e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0769  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 
124 aa  67.8  5e-11  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 
121 aa  67.4  6e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 
132 aa  67.4  6e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  37.25 
 
 
118 aa  67.4  6e-11  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.25 
 
 
121 aa  67.4  7e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 
130 aa  67.4  7e-11  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  38.3 
 
 
118 aa  67  8e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  38.3 
 
 
118 aa  67  8e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  37.36 
 
 
126 aa  67  9e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 
134 aa  66.6  1e-10  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
143 aa  66.2  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36.27 
 
 
127 aa  66.2  1e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
134 aa  66.6  1e-10  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.38 
 
 
132 aa  66.6  1e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  65.5  2e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  65.5  2e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 
118 aa  65.5  2e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 
118 aa  65.5  2e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  37.25 
 
 
118 aa  65.9  2e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 
118 aa  65.5  2e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  65.1  3e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2748  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 
120 aa  65.1  3e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131099  normal  0.170197 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  32.54 
 
 
128 aa  65.1  3e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 
118 aa  65.1  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 
143 aa  64.7  4e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 
131 aa  64.7  4e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  30.34 
 
 
120 aa  64.7  4e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  38.2 
 
 
118 aa  64.3  5e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
116 aa  63.9  6e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 
117 aa  63.9  6e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 
133 aa  63.9  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 
133 aa  63.9  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  30.65 
 
 
142 aa  63.9  6e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
116 aa  63.9  6e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  31.13 
 
 
137 aa  63.9  7e-10  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 
123 aa  63.9  7e-10  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 
133 aa  63.5  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 
133 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36 
 
 
130 aa  63.5  1e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
132 aa  63.2  1e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 
131 aa  63.2  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 
133 aa  62.8  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 
119 aa  63.2  1e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.52845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 
129 aa  62.8  2e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  33.02 
 
 
123 aa  62  2e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 
136 aa  62.4  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 
133 aa  62.4  2e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 
123 aa  62.4  2e-09  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 
150 aa  62.4  2e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  30.23 
 
 
134 aa  62.4  2e-09  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 
121 aa  62  2e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 
136 aa  62.4  2e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 
136 aa  62.4  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 
133 aa  62.4  2e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
132 aa  62.8  2e-09  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
134 aa  62  3e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  33.01 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>