More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0071 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
309 aa  627  1e-179  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  97.09 
 
 
309 aa  611  1e-174  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 
308 aa  332  5e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  57.57 
 
 
304 aa  324  1e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  48.71 
 
 
305 aa  294  1e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 
294 aa  209  3e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 
294 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 
323 aa  197  1e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 
297 aa  197  2e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.02 
 
 
300 aa  193  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
300 aa  193  3e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  4.36908e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  41.09 
 
 
307 aa  190  3e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 
306 aa  190  3e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.4697e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
283 aa  188  8e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 
300 aa  188  1e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.59434e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  33.68 
 
 
307 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 
308 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 
309 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
321 aa  179  5e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 
314 aa  179  5e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
302 aa  179  5e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
302 aa  179  5e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
321 aa  179  5e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
302 aa  179  5e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
311 aa  179  6e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
302 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 
309 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  36.48 
 
 
305 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  2.53025e-08  hitchhiker  1.6309e-07 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 
311 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 
302 aa  175  1e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  35.84 
 
 
311 aa  174  2e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 
301 aa  174  2e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  37.23 
 
 
295 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.36822e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 
292 aa  172  6e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.66042e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 
305 aa  172  8e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 
314 aa  172  8e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  39.25 
 
 
298 aa  171  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 
304 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  8.95381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  35.66 
 
 
318 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.04 
 
 
303 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 
295 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
293 aa  170  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 
308 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 
318 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 
313 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 
288 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 
310 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 
301 aa  167  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 
303 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  9.98148e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  34.52 
 
 
309 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 
310 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 
310 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  34.49 
 
 
305 aa  165  1e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
308 aa  164  1e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 
306 aa  164  2e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.02 
 
 
299 aa  164  2e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 
310 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
297 aa  163  4e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
297 aa  163  4e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 
310 aa  163  4e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
297 aa  163  4e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  35.26 
 
 
310 aa  162  5e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  4.15787e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
294 aa  162  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 
249 aa  162  6e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  34.04 
 
 
291 aa  162  6e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 
322 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  35.2 
 
 
293 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  35.2 
 
 
293 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  37.24 
 
 
295 aa  162  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 
305 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 
299 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 
307 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 
323 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 
308 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 
310 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  36.14 
 
 
306 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 
295 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 
303 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 
283 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 
308 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 
315 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 
304 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 
304 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 
354 aa  159  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  34.78 
 
 
307 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 
310 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 
305 aa  158  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 
305 aa  158  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 
307 aa  157  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 
302 aa  158  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  34.15 
 
 
305 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 
318 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 
299 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 
327 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>