More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0085 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0047  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0030  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0041  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.339834  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  98.21 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.49 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0030  tRNA-Ile  98.11 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0052  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0058  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0064  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  98.11 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0007  tRNA-Ile  98.11 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00629205  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  95 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  95 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  93.65 
 
 
80 bp  93.7  6e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  93.65 
 
 
80 bp  93.7  6e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  93.65 
 
 
79 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0053  tRNA-Ile  98 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.154517  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>