120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0030 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  98.18 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 71 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4323  tRNA-OTHER  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  97.44 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0034  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528755  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000503645  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000909207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000465953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000913492  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  87.04 
 
 		 462 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.8536599999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000510343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166451  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000475423  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000000957331  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000293612  hitchhiker  0.000000418527 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000012319  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0037  tRNA-Cys  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0501912  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>