276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0010 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27710  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0039  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  97.22 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>