More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3871 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3871  Beta-glucuronidase  100 
 
 		 603 aa  1247    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.311387 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0530  Beta-galactosidase  47.32 
 
 		 591 aa  557  1e-157  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1185  Beta-glucuronidase  42.73 
 
 		 604 aa  434  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3352  Beta-glucuronidase  41.53 
 
 		 625 aa  421  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0530012  normal  0.948257 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4198  glycoside hydrolase family protein  38.43 
 
 		 598 aa  410  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.161808  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2632  HflK  38.39 
 
 		 607 aa  409  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000143868  normal  0.498277 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2082  Beta-glucuronidase  37.54 
 
 		 600 aa  404  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.177163  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0579  Beta-glucuronidase  37.99 
 
 		 597 aa  390  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.588322 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2842  Beta-glucuronidase  38.18 
 
 		 568 aa  363  5.0000000000000005e-99  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0277834  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4208  Beta-galactosidase  37.76 
 
 		 587 aa  363  6e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5245  Beta-galactosidase  28.59 
 
 		 670 aa  213  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6868  Beta-galactosidase  29.94 
 
 		 707 aa  213  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2609  Beta-galactosidase  29.56 
 
 		 738 aa  206  9e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2654  Beta-galactosidase  29.08 
 
 		 704 aa  198  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0659127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3313  beta-D-glucuronidase  27.71 
 
 		 603 aa  198  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1689  Beta-glucuronidase  28.28 
 
 		 563 aa  196  9e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0566843  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1670  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.51 
 
 		 598 aa  195  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1539  beta-D-glucuronidase  28.84 
 
 		 577 aa  194  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0549709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0490  Beta-glucuronidase  27.58 
 
 		 564 aa  193  7e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2734  Beta-galactosidase  28.75 
 
 		 897 aa  188  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3195  beta-D-glucuronidase  28.62 
 
 		 590 aa  188  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2419  Beta-galactosidase  28.52 
 
 		 686 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29894  normal  0.49724 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1310  Beta-glucuronidase  26.08 
 
 		 588 aa  182  1e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1692  beta-D-glucuronidase  26.67 
 
 		 603 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2013  beta-D-glucuronidase  26.67 
 
 		 603 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.73903 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2025  Beta-glucuronidase  26.67 
 
 		 603 aa  181  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0602766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1825  beta-D-glucuronidase  26.67 
 
 		 603 aa  181  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1582  beta-D-glucuronidase  26.83 
 
 		 603 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01586  beta-D-glucuronidase  26.5 
 
 		 603 aa  178  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1804  beta-D-glucuronidase  26.5 
 
 		 603 aa  178  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.521015  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4492  Beta-galactosidase  30.55 
 
 		 889 aa  177  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00800189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01576  hypothetical protein  26.5 
 
 		 603 aa  178  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1386  Beta-glucuronidase  26.67 
 
 		 558 aa  177  7e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2041  Beta-glucuronidase  25.79 
 
 		 601 aa  176  9e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00438067  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05361  beta-1,4-mannosidase (Eurofung)  27.42 
 
 		 644 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.124619  normal  0.368896 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1292  Beta-galactosidase  26.42 
 
 		 862 aa  174  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.016367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3669  glycoside hydrolase family protein  28.42 
 
 		 888 aa  171  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1330  beta-D-glucuronidase  27.1 
 
 		 596 aa  168  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.237196  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2086  Beta-glucuronidase  28.54 
 
 		 512 aa  168  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000473091  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0430  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  28.57 
 
 		 923 aa  167  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0698  beta-D-glucuronidase  24.58 
 
 		 599 aa  161  3e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4197  glycoside hydrolase family protein  28.47 
 
 		 803 aa  160  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2700  Beta-galactosidase  26.57 
 
 		 848 aa  160  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.000378241  normal  0.397467 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1285  Beta-galactosidase/beta-glucuronidase-like  28.37 
 
 		 824 aa  158  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0624  Beta-galactosidase  27.75 
 
 		 894 aa  158  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0265527  normal  0.150404 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1017  Beta-galactosidase  28.19 
 
 		 717 aa  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3255  beta-D-glucuronidase  26.53 
 
 		 598 aa  150  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20590  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  24.85 
 
 		 892 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  30.65 
 
 		 972 aa  145  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3466  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.84 
 
 		 968 aa  144  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.52907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  28.13 
 
 		 1129 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1625  glycoside hydrolase family 42 protein  27.8 
 
 		 1084 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00573488  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  27.38 
 
 		 928 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2447  Beta-galactosidase  24.12 
 
 		 677 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3917  glycoside hydrolase family protein  28.25 
 
 		 1020 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14320  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  28.85 
 
 		 992 aa  135  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1559  glycoside hydrolase family protein  28.03 
 
 		 1084 aa  134  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000116157  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1667  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  30.89 
 
 		 858 aa  133  1.0000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611357  normal  0.331093 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20490  Beta-galactosidase  27.14 
 
 		 750 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000040433  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3338  glycoside hydrolase family protein  27.97 
 
 		 781 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0252466  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4911  Beta-galactosidase  28.26 
 
 		 1003 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114803  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00239  beta-galactosidase  30.08 
 
 		 763 aa  128  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0951  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  27.76 
 
 		 741 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  2.87628e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3719  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  28.19 
 
 		 1004 aa  127  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  28.35 
 
 		 1059 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000751059 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1071  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  27.72 
 
 		 781 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0819877  normal  0.0326582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0684  DNA primase  28.07 
 
 		 785 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113069  hitchhiker  0.000000509357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4039  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  30 
 
 		 811 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4074  glycoside hydrolase family protein  28.35 
 
 		 806 aa  124  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.275726  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0815  beta-galactosidase  28.95 
 
 		 804 aa  123  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.57434  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0715  Beta-galactosidase  25 
 
 		 1024 aa  123  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0106  Beta-galactosidase  26.77 
 
 		 815 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3487  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.57 
 
 		 748 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0826  glycosy hydrolase family protein  28.69 
 
 		 804 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.241156  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2111  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  27.29 
 
 		 787 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1917  beta-D-galactosidase  28.54 
 
 		 1044 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0928  beta-D-galactosidase  26.61 
 
 		 1028 aa  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000620353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3379  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  28.42 
 
 		 992 aa  122  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2757  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.63 
 
 		 805 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.000135785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1095  Beta-galactosidase  28.17 
 
 		 743 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3782  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.11 
 
 		 747 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.148395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2483  glycoside hydrolase family protein  27.93 
 
 		 623 aa  118  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.455341  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1433  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  27.01 
 
 		 1003 aa  118  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6171  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  27.73 
 
 		 813 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0434587  normal  0.0455178 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3160  glycoside hydrolase family protein  24.72 
 
 		 1185 aa  117  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4961  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  29.13 
 
 		 1018 aa  117  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2720  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.58 
 
 		 1053 aa  117  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1011  Beta-galactosidase  24.33 
 
 		 1019 aa  116  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00111283  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3118  glycoside hydrolase family protein  25.37 
 
 		 1043 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  26.73 
 
 		 1033 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1016  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.14 
 
 		 805 aa  115  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4065  glycoside hydrolase family protein  24.22 
 
 		 1045 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.212111  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  26.18 
 
 		 1076 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1366  beta-galactosidase  28.27 
 
 		 1026 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02463  beta-galactosidase (Eurofung)  25 
 
 		 1023 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.220978 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1177  threonine synthase  27.23 
 
 		 859 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0725955  hitchhiker  0.0000211988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3614  glycoside hydrolase family protein  25.86 
 
 		 1094 aa  113  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1807  Beta-galactosidase  27.3 
 
 		 1035 aa  112  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.489965  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  25 
 
 		 1108 aa  113  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2019  beta-D-galactosidase  25.93 
 
 		 1035 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0466092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>