84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3865 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3865  glucuronate isomerase  100 
 
 		 465 aa  952    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.159364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2780  glucuronate isomerase  49.36 
 
 		 468 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.61997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3389  glucuronate isomerase  47.11 
 
 		 470 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.391415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3319  glucuronate isomerase  47.11 
 
 		 470 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.229884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3309  glucuronate isomerase  47.11 
 
 		 470 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521797  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3482  glucuronate isomerase  47.11 
 
 		 470 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.604959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4407  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3383  glucuronate isomerase  46.9 
 
 		 470 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.82847 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02912  hypothetical protein  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02961  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3384  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.666142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0608  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3560  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3275  glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0609  Glucuronate isomerase  48.5 
 
 		 470 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3528  glucuronate isomerase  48.28 
 
 		 470 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4321  glucuronate isomerase  48.83 
 
 		 470 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3546  glucuronate isomerase  47 
 
 		 470 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0131  glucuronate isomerase  46.25 
 
 		 477 aa  445  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.825674 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1602  glucuronate isomerase  46.75 
 
 		 463 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3385  glucuronate isomerase  47.42 
 
 		 469 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1402  glucuronate isomerase  46.04 
 
 		 464 aa  432  1e-120  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000112502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3511  glucuronate isomerase  47.64 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0491  glucuronate isomerase  46.27 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00170944  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0746  glucuronate isomerase  46.78 
 
 		 469 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0554  glucuronate isomerase  46.27 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1104  glucuronate isomerase  46.27 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00133463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0529  glucuronate isomerase  46.57 
 
 		 469 aa  428  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4786  Glucuronate isomerase  46.12 
 
 		 477 aa  424  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.349343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6832  Glucuronate isomerase  46.57 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.777644 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5502  Glucuronate isomerase  44.85 
 
 		 477 aa  419  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80877  hitchhiker  0.00265053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4262  glucuronate isomerase  42.21 
 
 		 467 aa  412  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1162  Glucuronate isomerase  43.78 
 
 		 466 aa  415  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1060  Glucuronate isomerase  45.57 
 
 		 470 aa  410  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4124  Glucuronate isomerase  45.16 
 
 		 475 aa  410  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2037  Glucuronate isomerase  41.49 
 
 		 468 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0693  Glucuronate isomerase  41.88 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1676  Glucuronate isomerase  43.2 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2743  glucuronate isomerase  42.18 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4293  glucuronate isomerase  44.85 
 
 		 472 aa  380  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00297725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1307  Glucuronate isomerase  38.15 
 
 		 466 aa  356  3.9999999999999996e-97  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1600  Glucuronate isomerase  38.23 
 
 		 468 aa  354  2e-96  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1742  glucuronate isomerase  38.01 
 
 		 472 aa  342  7e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0214  Glucuronate isomerase  37.12 
 
 		 463 aa  340  5e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0701  glucuronate isomerase  39.61 
 
 		 466 aa  336  3.9999999999999995e-91  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0451  glucuronate isomerase  35.6 
 
 		 473 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0870  glucuronate isomerase  36.27 
 
 		 455 aa  271  1e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.452476  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0883  glucuronate isomerase  35.96 
 
 		 451 aa  270  5e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0860  glucuronate isomerase  36.38 
 
 		 451 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0854  glucuronate isomerase  33.97 
 
 		 455 aa  261  3e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0158  glucuronate isomerase  35.59 
 
 		 454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0415416  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4204  Glucuronate isomerase  33.76 
 
 		 454 aa  248  2e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.828755  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1272  glucuronate isomerase  27.73 
 
 		 471 aa  168  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3523  glucuronate isomerase  30.51 
 
 		 466 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3677  glucuronate isomerase  30.51 
 
 		 466 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.339783  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3197  glucuronate isomerase  29.98 
 
 		 491 aa  162  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1887  glucuronate isomerase  33.06 
 
 		 466 aa  158  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4353  glucuronate isomerase  28.63 
 
 		 471 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00091733 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4023  glucuronate isomerase  29.16 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4306  glucuronate isomerase  29.01 
 
 		 463 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03860  glucuronate isomerase  30.56 
 
 		 465 aa  152  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.089523  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0230  glucuronate isomerase  29.31 
 
 		 492 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3892  glucuronate isomerase  29.6 
 
 		 466 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660949  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31050  glucuronate isomerase  31.35 
 
 		 480 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.804558  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3046  glucuronate isomerase  29.41 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0612279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0940  glucuronate isomerase  27.02 
 
 		 471 aa  146  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000809082  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07080  glucuronate isomerase  30.47 
 
 		 475 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.791965 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3312  Glucuronate isomerase  30.43 
 
 		 468 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0386797 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4749  glucuronate isomerase  28.69 
 
 		 469 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017804  hitchhiker  0.0078517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0587  Glucuronate isomerase  29.58 
 
 		 473 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.237114  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1756  glucuronate isomerase  27.9 
 
 		 488 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2650  Glucuronate isomerase  29.15 
 
 		 475 aa  138  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0879  Glucuronate isomerase  30.8 
 
 		 465 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4496  glucuronate isomerase  29 
 
 		 468 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0502  glucuronate isomerase  28.77 
 
 		 467 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2139  glucuronate isomerase  28.48 
 
 		 468 aa  134  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0488  glucuronate isomerase  28.27 
 
 		 468 aa  133  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3012  Glucuronate isomerase  31.69 
 
 		 483 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05310  glucuronate isomerase  29.71 
 
 		 492 aa  130  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2303  Glucuronate isomerase  28.06 
 
 		 478 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.250652  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0787  glucuronate isomerase  28.25 
 
 		 474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2412  glucuronate isomerase  27.62 
 
 		 468 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.632639  normal  0.286148 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0812  glucuronate isomerase  25.71 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2405  glucuronate isomerase  27.29 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0100052  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>