264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3855 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3855  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  241  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.936414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0824  DGPFAETKE family protein  53.04 
 
 
115 aa  141  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0198  YCII-related protein  53.57 
 
 
116 aa  111  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  0.0536776 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0409  DGPFAETKE family protein  43.48 
 
 
135 aa  100  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00347395  normal  0.0963285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2314  DGPFAETKE family protein  45.83 
 
 
118 aa  97.8  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4327  DGPFAETKE  40.52 
 
 
114 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.189764  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2336  YCII-related  43.33 
 
 
118 aa  97.1  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000398459  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3416  YCII-related protein  44.54 
 
 
119 aa  96.7  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.162675  hitchhiker  0.00509587 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0545  YCII-related protein  44.44 
 
 
118 aa  94.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.150513  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6291  DGPFAETKE family protein  38.05 
 
 
123 aa  94.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6406  DGPFAETKE family protein  38.94 
 
 
123 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3319  hypothetical protein  37.82 
 
 
122 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.419553  hitchhiker  0.0000411841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1334  DGPFAETKE family protein  38.33 
 
 
124 aa  92  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177164  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3536  YCII-related protein  41.07 
 
 
112 aa  90.9  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3850  DGPFAETKE family protein  38.71 
 
 
114 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4454  DGPFAETKE domain-containing protein  41.23 
 
 
122 aa  89.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46830  hypothetical protein  37.93 
 
 
116 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000423585 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2256  YCII-related protein  41.59 
 
 
115 aa  89.7  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3474  YCII-related  39.82 
 
 
123 aa  88.6  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116135  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6185  hypothetical protein  43.7 
 
 
117 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353039  normal  0.674023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4062  DGPFAETKE family protein  37.9 
 
 
114 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2629  YCII-related protein  44.07 
 
 
118 aa  87.8  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00535413  normal  0.414588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1110  YCII-related  35.71 
 
 
119 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0959  DGPFAETKE family protein  33.93 
 
 
119 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2176  DGPFAETKE family protein  38.46 
 
 
119 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.66649  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4035  DGPF domain-containing protein  37.07 
 
 
116 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4555  DGPFAETKE family protein  37.61 
 
 
114 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1334  DGPFAETKE family protein  37.61 
 
 
114 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.277602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3549  YCII-related  38.05 
 
 
112 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0814  YCII-related protein  41.07 
 
 
125 aa  84.3  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.487046  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3252  DGPFAETKE family protein  37.17 
 
 
112 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.899565  normal  0.150715 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4396  hypothetical protein  44.92 
 
 
116 aa  82.8  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759442  normal  0.0566576 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3090  DGPFAETKE domain-containing protein  39.29 
 
 
126 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.471864  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3150  DGPFAETKE family protein  39.29 
 
 
126 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3110  DGPFAETKE family protein  39.29 
 
 
126 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484936  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3323  YCII-related protein  37.07 
 
 
120 aa  80.5  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3192  YCII-related protein  34.82 
 
 
115 aa  77.4  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.43848  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2170  YCII-related protein  41.23 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.87091  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1112  YCII-related  43.42 
 
 
118 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4352  YCII-related protein  40.71 
 
 
123 aa  75.1  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00663803  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0961  DGPFAETKE family protein  44.74 
 
 
116 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3455  YCII-related protein  38.94 
 
 
118 aa  74.3  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4552  hypothetical protein  33.04 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.40507  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3811  DGPFAETKE family protein  33.04 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.276008 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3713  DGPFAETKE family protein  33.04 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.832455 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4928  DGPFAETKE family protein  34.82 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0813146 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2285  hypothetical protein  33.04 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0910084 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3712  DGPFAETKE family protein  33.93 
 
 
117 aa  72  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.555531  normal  0.297001 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1521  YCII-related protein  33.64 
 
 
118 aa  72  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000673434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4175  hypothetical protein  32.48 
 
 
126 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0396  DGPFAETKE family protein  38.79 
 
 
120 aa  72  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1406  YCII-related protein  34.51 
 
 
120 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48237  normal  0.318259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0960  DGPFAETKE family protein  31.53 
 
 
119 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5537  DGPFAETKE family protein  33.04 
 
 
117 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1555  YCII-related  35.4 
 
 
118 aa  70.5  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00194658  normal  0.0318419 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2235  YCII-related protein  37.39 
 
 
117 aa  69.3  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.346545  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3500  DGPFAETKE  32 
 
 
147 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.161886  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3657  YCII-related  33 
 
 
147 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2464  YCII-related protein  35.71 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107767  hitchhiker  0.00332743 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2715  DGPFAETKE family protein  31.86 
 
 
126 aa  68.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.651883  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3588  DGPFAETKE family protein  32 
 
 
147 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6650  DGPFAETKE family protein  35.04 
 
 
123 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.96352  normal  0.40787 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3461  hypothetical protein  35.25 
 
 
122 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102255  hitchhiker  0.00155442 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0813  YCII-related protein  40.71 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4024  hypothetical protein  33.33 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7112  DGPFAETKE family protein  32.14 
 
 
117 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.87407  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0955  DGPFAETKE family protein  36.21 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410711  normal  0.159018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1111  YCII-related  27.93 
 
 
119 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0493804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1747  YCII-related  36.44 
 
 
126 aa  67  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0226  YCII-related protein  36.44 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14340  hypothetical protein  38.79 
 
 
119 aa  66.6  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143905  normal  0.239735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0410  DGPFAETKE family protein  30.7 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00435378  normal  0.146566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1459  YCII-related  33.91 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0349  YCII-related protein  31.3 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0677816 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4360  DGPFAETKE family protein  33.33 
 
 
389 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0003  DGPFAETKE family protein  34.45 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398282  hitchhiker  0.0000769661 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2831  DGPFAETKE family protein  28.57 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.618861  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0232  hypothetical protein  35.71 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3428  DGPFAETKE domain-containing protein  33.91 
 
 
226 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4943  DGPFAETKE family protein  32.8 
 
 
120 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1952  YCII-related protein  35.29 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608029 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0472  YCII-related protein  50 
 
 
115 aa  64.7  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.354888  normal  0.131281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5220  hypothetical protein  33.62 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4227  YCII-related protein  30.43 
 
 
110 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0725817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4492  hypothetical protein  33.62 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.891813  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0231  hypothetical protein  33.04 
 
 
117 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2197  DGPFAETKE domain-containing protein  33.33 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.936751  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3965  DGPFAETKE family protein  39.5 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.34547  normal  0.855639 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4927  DGPFAETKE family protein  33.88 
 
 
140 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0785882 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0931  DGPF domain-containing protein  32.17 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2635  DGPF domain-containing protein  32.17 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.230357  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0533  DGPF domain-containing protein  32.17 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2826  DGPFAETKE family protein  35.29 
 
 
158 aa  63.9  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.655447 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0929  DGPF domain-containing protein  35.2 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8876  YCII-related protein  36.75 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2634  DGPF domain-containing protein  34.71 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.821675  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2496  DGPF domain-containing protein  35.2 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3925  hypothetical protein  32.46 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2210  YCII-related protein  33.33 
 
 
133 aa  63.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4100  DGPFAETKE family protein  30.17 
 
 
118 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>