More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3854 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3854  KpsF/GutQ family protein  100 
 
 
323 aa  641    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3588  arabinose-5-phosphate isomerase  58.31 
 
 
320 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2774  KpsF/GutQ family protein  59.49 
 
 
321 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2608  KpsF/GutQ family protein  59.93 
 
 
315 aa  345  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2814  KpsF/GutQ family protein  60.25 
 
 
321 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1901  KpsF/GutQ family protein  56.87 
 
 
329 aa  342  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733049  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1208  KpsF/GutQ family protein  56.35 
 
 
323 aa  342  5e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.905604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1153  sugar phosphate isomerase  60.84 
 
 
307 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1670  KpsF/GutQ family protein  59.38 
 
 
340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.225758  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0192  KpsF/GutQ family protein  56.36 
 
 
334 aa  320  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0073  KpsF/GutQ family protein  59.09 
 
 
321 aa  320  3e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4997  KpsF/GutQ family protein  55.33 
 
 
333 aa  316  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0692534 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0014  KpsF/GutQ  58.99 
 
 
366 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1995  KpsF/GutQ family protein  53.5 
 
 
338 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0928427  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2497  KpsF/GutQ family protein  51.61 
 
 
322 aa  305  8.000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1252  KpsF/GutQ family protein  52.87 
 
 
338 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465409  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3609  KpsF/GutQ family protein  56.21 
 
 
331 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0947  KpsF/GutQ family protein  52.4 
 
 
337 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1895  KpsF/GutQ family protein  56.77 
 
 
338 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0258547  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0864  KpsF/GutQ family protein  53.04 
 
 
336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.692675 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0769  KpsF/GutQ family protein  51.88 
 
 
337 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2737  KpsF/GutQ family protein  55.75 
 
 
331 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3413  KpsF/GutQ family protein  53.04 
 
 
325 aa  300  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.285872  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2580  KpsF/GutQ family protein  51.95 
 
 
339 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.597133  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1893  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  50.78 
 
 
321 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.573226  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4539  KpsF/GutQ family protein  52.4 
 
 
336 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5015  KpsF/GutQ family protein  48.77 
 
 
329 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.336764 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0931  sugar isomerase, KpsF/GutQ family protein  52.72 
 
 
325 aa  297  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3307  KpsF/GutQ family protein  55.52 
 
 
331 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0073  sugar isomerase, KpsF/GutQ  51.76 
 
 
333 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0335  KpsF/GutQ family sugar isomerase  53.31 
 
 
330 aa  292  4e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0068  sugar isomerase, KpsF/GutQ  51.76 
 
 
359 aa  292  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.695575  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0334  KpsF/GutQ family protein  54.33 
 
 
353 aa  291  7e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.139935  normal  0.203565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4477  KpsF/GutQ family protein  50.32 
 
 
334 aa  290  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.382175  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1278  KpsF/GutQ  48.9 
 
 
321 aa  290  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000847451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2710  KpsF/GutQ family protein  51.25 
 
 
329 aa  285  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3965  KpsF/GutQ family protein  48.45 
 
 
330 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.355443 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03188  arabinose 5-phosphate isomerase  48.87 
 
 
326 aa  282  6.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.655458  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4269  KpsF/GutQ family protein  50.31 
 
 
354 aa  282  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2977  KpsF/GutQ family protein  48.59 
 
 
321 aa  281  9e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00368361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4285  KpsF/GutQ family protein  52.88 
 
 
341 aa  280  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.746781  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3899  KpsF/GutQ family protein  53.56 
 
 
340 aa  280  3e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.10465  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3607  KpsF/GutQ family protein  53.56 
 
 
340 aa  279  4e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220324  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3722  capsule expression protein  50.8 
 
 
331 aa  278  7e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0365  KpsF/GutQ family protein  51.13 
 
 
325 aa  278  9e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.623237  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1943  arabinose-5-phosphate isomerase  48.24 
 
 
320 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0150417  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2121  KpsF/GutQ family protein  51.25 
 
 
339 aa  277  2e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2171  KpsF/GutQ family protein  51.71 
 
 
322 aa  276  5e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2608  KpsF/GutQ family protein  49.06 
 
 
322 aa  275  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3174  arabinose-5-phosphate isomerase  48.55 
 
 
323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1602  KpsF/GutQ family protein  48.75 
 
 
322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0957  KpsF/GutQ family protein  49.37 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0996  KpsF/GutQ family protein  49.37 
 
 
324 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0875  KpsF/GutQ family protein  50.16 
 
 
324 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1362  arabinose 5-phosphate isomerase  52.65 
 
 
333 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.385255  normal  0.0702904 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2225  KpsF/GutQ family protein  50.31 
 
 
341 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.574714  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0964  KpsF/GutQ family protein  49.37 
 
 
324 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4326  KpsF/GutQ family protein  51.4 
 
 
341 aa  271  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.481068 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002407  arabinose 5-phosphate isomerase  47.59 
 
 
323 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3306  KpsF/GutQ family protein  48.08 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3956  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  46.96 
 
 
325 aa  269  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0510  D-arabinose 5-phosphate isomerase  48.55 
 
 
357 aa  269  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0902  hypothetical protein  44.84 
 
 
320 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0871  hypothetical protein  44.84 
 
 
320 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0563  KpsF/GutQ family protein  46.86 
 
 
323 aa  269  5e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57393  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1148  D-arabinose 5-phosphate isomerase  48.87 
 
 
342 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0446  D-arabinose 5-phosphate isomerase  48.55 
 
 
328 aa  268  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3344  KpsF/GutQ family protein  47.28 
 
 
325 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57890  hypothetical protein  50.16 
 
 
326 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4519  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.68 
 
 
328 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.498324  normal  0.41247 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3573  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03062  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00212199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0510  KpsF/GutQ family protein  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03013  hypothetical protein  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00296594  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3390  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.997652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3493  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3685  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0678  KpsF/GutQ family protein  46.65 
 
 
325 aa  267  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.732488  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0503  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 
328 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.183909 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0677  KpsF/GutQ family protein  46.96 
 
 
325 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.953587  normal  0.0677039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0969  KpsF/GutQ family protein  47.32 
 
 
321 aa  267  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0045257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5030  hypothetical protein  49.52 
 
 
324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4258  KpsF/GutQ family protein  48.74 
 
 
324 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2221  KpsF/GutQ family protein  48.25 
 
 
326 aa  265  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0879  KpsF/GutQ family protein  52.43 
 
 
329 aa  264  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00879092  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0756  KpsF/GutQ family protein  46.95 
 
 
323 aa  265  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0731  Arabinose-5-phosphate isomerase  49.85 
 
 
325 aa  264  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0720  KpsF/GutQ family protein  46.96 
 
 
325 aa  263  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4108  KpsF/GutQ family protein  47.98 
 
 
330 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal  0.0965302 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3810  D-arabinose 5-phosphate isomerase  47.59 
 
 
328 aa  264  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.109519  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0761  arabinose-5-phosphate isomerase  48.42 
 
 
345 aa  262  4e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3505  D-arabinose 5-phosphate isomerase  49.68 
 
 
328 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03660  hypothetical protein  46.47 
 
 
323 aa  262  4.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0675  KpsF/GutQ family protein  48.42 
 
 
345 aa  262  4.999999999999999e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4898  KpsF/GutQ family protein  48.6 
 
 
335 aa  262  6e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340772  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1202  arabinose-5-phosphate isomerase  46.3 
 
 
324 aa  262  6.999999999999999e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0712  KpsF/GutQ family protein  46.33 
 
 
325 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0114298 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0691  KpsF/GutQ family protein  46.33 
 
 
325 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.983087  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0721  KpsF/GutQ family protein  46.33 
 
 
325 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3663  KpsF/GutQ family protein  46.33 
 
 
325 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000627199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>