More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3835 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3835  Type I secretion system ATPase, PrtD  100 
 
 
570 aa  1151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171691  normal  0.0822882 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0039  Type I secretion system ATPase, PrtD  50.18 
 
 
585 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8002  type I secretion system ATPase  50.09 
 
 
588 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5907  type I secretion system ATPase  48.45 
 
 
587 aa  511  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742047  normal  0.0169981 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1321  type I secretion system ATPase  48.11 
 
 
587 aa  508  1e-142  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1274  type I secretion system ATPase  50 
 
 
588 aa  501  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.401757 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1510  type I secretion system ATPase  46.72 
 
 
643 aa  498  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1161  type I secretion system ATPase  48.29 
 
 
587 aa  493  1e-138  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.873156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0270  type I secretion system ATPase  48.11 
 
 
587 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16240  Type I secretion system ATPase  46.24 
 
 
580 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1818  Type I secretion system ATPase, PrtD  44.55 
 
 
591 aa  485  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00373836  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1707  Type I secretion system ATPase, PrtD  45.08 
 
 
596 aa  479  1e-134  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3155  type I secretion system ATPase  45.66 
 
 
578 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2560  type I secretion system ATPase  45.47 
 
 
578 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.11254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3354  type I secretion system ATPase  45.1 
 
 
578 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74579  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3885  putative toxin/protease secretion system  46.07 
 
 
573 aa  466  1e-130  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1596  type I secretion system ATPase  46.18 
 
 
588 aa  468  1e-130  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.276203  normal  0.125682 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3161  Type I secretion system ATPase, PrtD  44.87 
 
 
598 aa  460  1e-128  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2512  type I secretion system ATPase  44.5 
 
 
581 aa  458  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3382  type I secretion system ATPase  43.11 
 
 
579 aa  458  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0933  Type I secretion system ATPase, PrtD  42.91 
 
 
584 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4084  type I secretion system ATPase  45.1 
 
 
602 aa  452  1e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3892  ABC transporter  45.1 
 
 
602 aa  454  1e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.881504 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0132  type I secretion ATP-binding protein  44.73 
 
 
602 aa  451  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7141  HlyB family ABC transporter  44.17 
 
 
582 aa  446  1e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.470411  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2680  Type I secretion system ATPase, PrtD  44.69 
 
 
595 aa  447  1e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000301439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3330  ABC transporter, ATP-binding protein  45.24 
 
 
599 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.355213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1405  type I secretion system ATPase  41.73 
 
 
603 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.466667  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48115  alkaline protease secretion protein AprD  45.16 
 
 
593 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.969364  hitchhiker  0.00672446 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0459  hypothetical protein  41.3 
 
 
583 aa  437  1e-121  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00151029  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02274  Type I secretion system ATPase, PrtD  42.6 
 
 
560 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1280  Type I secretion system ATPase, PrtD  45.34 
 
 
573 aa  434  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4146  alkaline protease secretion protein AprD  45.16 
 
 
593 aa  435  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2543  type I secretion system ATPase  45.27 
 
 
614 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.23418  normal  0.267124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0720  type I secretion system ATPase  44.2 
 
 
572 aa  432  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2907  type I secretion system ATPase  46.11 
 
 
575 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1555  type I secretion system ATPase  44.62 
 
 
575 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.649141  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1409  type I secretion system ATPase  45.01 
 
 
619 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4928  Type I secretion system ATPase, PrtD  45.75 
 
 
585 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0583  type I secretion system ATPase  43.54 
 
 
574 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.020719 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0139  type I secretion system ATPase  41.23 
 
 
579 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.720717  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0802  Type I secretion system ATPase, PrtD  43.75 
 
 
593 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0433  Type I secretion system ATPase, PrtD  42.88 
 
 
574 aa  418  1e-115  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211617  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2948  Type I secretion system ATPase, PrtD  42.57 
 
 
671 aa  416  1e-115  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4007  type I secretion system ATPase  39.93 
 
 
573 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4336  putative toxin/protease secretion system  42.09 
 
 
583 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0115  type I secretion system ATPase  42.1 
 
 
578 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.869815  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0962  type I secretion system ATPase, PrtD  41.86 
 
 
668 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2861  type I secretion system ATPase  41.41 
 
 
577 aa  407  1e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05156  heme acquisition ABC transporter HasD  38.37 
 
 
576 aa  408  1e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2479  Type I secretion system ATPase, PrtD  41.82 
 
 
587 aa  406  1e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0339809 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0042  type I secretion system ATPase  39.56 
 
 
577 aa  404  1e-111  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.195884  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0618  type I secretion system ATPase  41.18 
 
 
580 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441787  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0379  type I secretion system ATPase  38.42 
 
 
570 aa  403  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.092179  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4390  type I secretion system ATPase  42.94 
 
 
582 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.500904 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0631  Type I secretion system ATPase, PrtD  38.95 
 
 
592 aa  403  1e-111  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2551  type I secretion system ATPase  42.45 
 
 
578 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.961125  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0378  type I secretion system ATPase  41.2 
 
 
573 aa  404  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0307649  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1114  rhiziobicin secretion  40.44 
 
 
598 aa  402  1e-110  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1749  type I secretion system ATPase  41.65 
 
 
561 aa  401  1e-110  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0770  type I secretion system ATPase  38.14 
 
 
581 aa  400  1e-110  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.164549  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0892  protein toxin ABC transporter ATPase and inner membrane subunit  42.64 
 
 
578 aa  401  1e-110  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287416  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0063  putative type I secretion system, ATP-binding protein  39.25 
 
 
566 aa  400  1e-110  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001278  ABC-type protease/lipase transport system ATPase and permease component  38.33 
 
 
535 aa  400  1e-110  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2966  type I secretion system ATPase  41.71 
 
 
582 aa  399  1e-110  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674529  normal  0.737202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3317  type I secretion system ATPase  40.48 
 
 
600 aa  401  1e-110  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2739  type I secretion system ATPase  41.71 
 
 
582 aa  399  1e-110  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1723  transport protein HasD  45.19 
 
 
595 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3437  type I secretion system ATPase  38.27 
 
 
591 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.732646  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2107  type I secretion system ATPase  46.03 
 
 
575 aa  396  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3026  Type I secretion system ATPase, PrtD  41.81 
 
 
667 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2036  type I secretion system ATPase  41.43 
 
 
580 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0619827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1563  type I secretion system ATPase  42.56 
 
 
603 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2206  type I secretion system ATPase  41.8 
 
 
582 aa  392  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0740  Type I secretion system ATPase, PrtD  41.24 
 
 
587 aa  392  1e-108  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0285827  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0383  type I secretion system ATPase  37.04 
 
 
590 aa  395  1e-108  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1644  type I secretion system ATPase  38.19 
 
 
589 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57007  normal  0.467937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1639  Type I secretion system ATPase, PrtD  42.51 
 
 
582 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1561  Type I secretion system ATPase, PrtD  39.12 
 
 
583 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.323729  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4336  type I secretion system ATPase  39.75 
 
 
663 aa  391  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270132  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2599  type I secretion system ATPase  41.11 
 
 
742 aa  392  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3226  type I secretion system ATPase  38.71 
 
 
588 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4713  type I secretion system ATPase  37.82 
 
 
589 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0148717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20030  transport protein HasD  45 
 
 
596 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.863087  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2541  type I secretion system ATPase  40.53 
 
 
598 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2978  type I secretion system ATPase  39.22 
 
 
589 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0582  type I secretion system ATPase  40.76 
 
 
581 aa  376  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.430347  normal  0.0200066 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0792  type I secretion system ATPase  40.77 
 
 
592 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4814  type I secretion system ATPase  39.61 
 
 
591 aa  376  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3996  type I secretion system ATPase  38.18 
 
 
782 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1748  type I secretion system ATPase  37.77 
 
 
571 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.492562  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1663  type I secretion system ATPase  42.13 
 
 
588 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6292  type I secretion system ATPase  40.15 
 
 
574 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4325  type I secretion system ATPase  39.17 
 
 
764 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.782007  normal  0.0375955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1980  type I secretion system ATPase  41.95 
 
 
588 aa  372  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15427  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3586  type I secretion system ATPase  38.64 
 
 
598 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1645  type I secretion system ATPase  40.44 
 
 
582 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1347  Type I secretion system ATPase, PrtD  37.25 
 
 
568 aa  368  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.753541  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5958  type I secretion system ATPase  40.04 
 
 
569 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1348  Type I secretion system ATPase, PrtD  40 
 
 
556 aa  369  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.716552  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>