168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3819 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  94.52 
 
 		 787 aa  1548    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  100 
 
 		 791 aa  1633    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  92.04 
 
 		 791 aa  1521    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  30.35 
 
 		 793 aa  294  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  30.45 
 
 		 785 aa  289  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  30.18 
 
 		 788 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  26.76 
 
 		 924 aa  278  2e-73  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  26.7 
 
 		 839 aa  273  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.23 
 
 		 826 aa  269  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  28.16 
 
 		 800 aa  266  8e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  29.04 
 
 		 801 aa  264  6e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.79 
 
 		 830 aa  263  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.59 
 
 		 826 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.59 
 
 		 826 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  27.83 
 
 		 800 aa  262  2e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.61 
 
 		 796 aa  260  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.39 
 
 		 790 aa  258  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  28.97 
 
 		 835 aa  257  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  29.78 
 
 		 805 aa  256  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  27.78 
 
 		 815 aa  253  8.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  27.84 
 
 		 803 aa  251  3e-65  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.79 
 
 		 803 aa  251  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  27.67 
 
 		 822 aa  249  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  27.59 
 
 		 823 aa  245  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  25.19 
 
 		 922 aa  245  3e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  27.32 
 
 		 830 aa  244  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  27.54 
 
 		 822 aa  243  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  26.99 
 
 		 821 aa  238  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.81 
 
 		 829 aa  233  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.24 
 
 		 819 aa  231  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  29.07 
 
 		 561 aa  230  6e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  31.02 
 
 		 816 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.94 
 
 		 804 aa  227  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  25.03 
 
 		 831 aa  224  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  25.15 
 
 		 831 aa  224  4.9999999999999996e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.91 
 
 		 805 aa  223  8e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  27 
 
 		 819 aa  221  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.33 
 
 		 915 aa  220  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  24.31 
 
 		 915 aa  220  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  29.39 
 
 		 797 aa  218  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  24.2 
 
 		 826 aa  211  4e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  24.02 
 
 		 826 aa  211  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  26.69 
 
 		 876 aa  203  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  25.55 
 
 		 916 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  28.25 
 
 		 789 aa  190  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  25.58 
 
 		 789 aa  182  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  24.9 
 
 		 808 aa  177  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  22.36 
 
 		 788 aa  169  1e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  26.07 
 
 		 812 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.59 
 
 		 849 aa  164  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  25.71 
 
 		 752 aa  160  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.55 
 
 		 804 aa  156  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  31.68 
 
 		 809 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  30.39 
 
 		 813 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  24.57 
 
 		 830 aa  150  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  29.38 
 
 		 817 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  31.39 
 
 		 813 aa  149  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  30.99 
 
 		 847 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  31.41 
 
 		 836 aa  148  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.93 
 
 		 813 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  26.05 
 
 		 792 aa  146  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  24.9 
 
 		 813 aa  147  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  29.86 
 
 		 822 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  28.6 
 
 		 687 aa  145  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  30.47 
 
 		 818 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  30.55 
 
 		 812 aa  144  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  25.32 
 
 		 814 aa  143  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  31.51 
 
 		 877 aa  142  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  27.45 
 
 		 817 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  24.71 
 
 		 820 aa  142  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  30.63 
 
 		 811 aa  141  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  29.84 
 
 		 816 aa  141  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  29.84 
 
 		 816 aa  141  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  30.63 
 
 		 812 aa  141  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  28.19 
 
 		 815 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  30.65 
 
 		 812 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  29.81 
 
 		 836 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  24.7 
 
 		 812 aa  139  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  29.66 
 
 		 809 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  24.17 
 
 		 812 aa  137  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  24.51 
 
 		 812 aa  137  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  27.05 
 
 		 822 aa  136  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.87 
 
 		 846 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  24.7 
 
 		 808 aa  135  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  27.08 
 
 		 819 aa  135  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  22.21 
 
 		 810 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  29.95 
 
 		 812 aa  134  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  25.53 
 
 		 821 aa  131  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  26.98 
 
 		 820 aa  131  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.41 
 
 		 825 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  30.13 
 
 		 829 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  27.39 
 
 		 816 aa  127  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  28.16 
 
 		 814 aa  127  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.62 
 
 		 825 aa  127  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  29.35 
 
 		 813 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  29.13 
 
 		 872 aa  124  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  26.47 
 
 		 816 aa  124  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.22 
 
 		 824 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  26.48 
 
 		 854 aa  121  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  27.61 
 
 		 845 aa  122  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>